1，“以藥養醫”是當前中國醫改面臨的核心問題。
政府對醫療機構投入不足，供給能力弱，把醫療機構推向市場，讓醫療機構自己適應市場，自負盈虧。這就導致了大部分醫院不得不選擇“以藥養醫”的方式來維持醫院的正常收入和運轉。久而久之，“以藥養醫”的方式成了醫院在市場經濟中追求利益最大化的工具。醫療機構失去了公益性質，老百姓看病的負擔越來越重。其實問題的根源在於政府對醫療機構的投入不足。2011年，我國GDP總量為47.16萬億元。根據財政部發布的《2011年財政收支情況》，財政收入103740億元，其中醫療衛生支出6367億元，僅占GDP總量的1.35%，低於很多國家。而且，這6367億元並不完全花在每個公民的醫療服務上。除去衛生部門的三公消費、基建等其他項目，全國只有20%左右花在人和醫療機構上。這使得大部分省份的財政補貼占公立醫院收入的比例不到5%，甚至不到2%，這也迫使醫院不得不從藥品和設備上獲取資金來維持正常運轉。2.醫療保險政策的公平性和多樣性有待提高。
由於諸多歷史原因和地區制度差異，醫保差別待遇依然存在，不同人群、不同地區差距較大，部分人群仍因各種原因未參加醫保。各地醫保中心都有各自地區的政策，導致不同地區的醫保病種和報銷比例存在差異，也缺乏全國各地區各險種的統籌規定和有效互聯。所以這個國家制度的公平性有待提高。隨著社會的發展，就業形式多樣化，醫療保險需求的多樣性逐漸顯示出其不足。而且參保人員轉移難以與區域內醫保銜接、“壹卡通”措施不完善，也暴露了醫保政策多樣性的需求。3.醫療保險政策管理體系不夠完善。
由於我國不同地區經濟發展水平不同，醫療保險政策實行省、市、縣三級分級管理或分級管理。醫保基金經濟能力差，無法成功適用於全國。基本醫療保險基金、補充醫療保險基金和大額商業保險基金在運用上缺乏協調，各種醫療保險基金不能最有效地發揮作用。醫保基金涉及政府、醫保中心、參保人和醫院。醫患關系緊張、參保單位繳納醫保基金不足、參保人從個人醫保賬戶套取資金、騙取醫保基金、醫療機構和醫藥代表的情況時有發生。因此，國家需要制定強有力的法規來協調醫保基金的使用，以保證我國全民醫保的可持續發展。4.醫療保險基金風險可控性有待加強。
醫療保險基金是醫療保險制度的主要組成部分。基金的安全性和可控性是我國醫療保險政策成功實施的前提和關鍵。中國已經進入老齡化社會，獨特的年齡結構極大地影響了醫療保險的籌資和收入。老齡化趨勢直接導致了醫療保險基金支出的負擔，提高了基金的風險。特殊疾病、老年人慢性病、長期住院護理的增加會危及醫保基金的可控性。同時，隨著科學技術的不斷進步，醫療領域出現了越來越多的新藥、新技術、新療法。這些新技術、新方法的出現，將直接導致醫療費用的增加，從而大大增加醫保基金支出的風險。醫保中心、參保人和醫療機構構成了三個相互關聯的利益主體。參保人追求醫療服務的最優化，醫療機構追求效益的最大化。因此，醫療保險基金的支出風險越來越大。參保人和醫院套取醫保基金、醫務人員拿藥品回扣、誘導患者過度醫療消費等違法現象也時有發生。
5.醫保資源分配不合理，費用負擔不均。醫療保險的子系統結構特點極大地制約了政府對醫療保險資源的配置。醫療衛生設施在部門、行業、城鄉之間存在巨大差異。上海、北京、廣州等中心城市集中了全國最優秀的醫療人才和最先進的診療設備，經濟欠發達地區的醫療設施遠遠不能滿足需要。機關、事業單位、企業辦的醫療機構，醫療衛生資源供過於求，利用率低，浪費嚴重。而農村醫療衛生資源嚴重不足，供不應求，看病難、吃藥貴的現象非常普遍。農村缺醫少藥的這個問題，使得壹些地方的防病防疫能力不斷下降。以醫院床位為例，農村人口占全國總人口的75%以上。1995年，城市醫院床位占全國醫院床位的52.3%，農村占47.7%。醫療服務設施在城市和農村地區的分布極不平衡。我國醫療保險的供給是由職工所在經濟組織的性質決定的，醫療費用主要由職工所在單位核算。由於單位的繳費、職工年齡結構、身體素質、職業病概率的差異，單位或企業之間的醫療費用負擔有輕有重，甚至出現醫療費用難以承受的現象，影響勞動力的生產和再生產，惡化企業的生存和發展環境，造成企業市場準入規則和競爭機制的扭曲。
6.醫療費用迅速膨脹，“搭便車”現象嚴重。中國城鎮職工的醫療保障是直接的免費保障。參保人只需繳納少量掛號費，就可以直接進入消費領域，參與醫保資源分配，且消費金額不受限制，容易出現小病不治，出手大方，體貼入微，壹個人給全家吃藥的現象。據有關部門估計，不合理醫療費用約占全部醫療費用的20.3%。1978年全國職工醫療費用增長到27億元，1997年增長了28倍，年增長約19%，而同期財政增長只有6.6倍，年增長約11%。職工醫療費用增速遠高於同期水平。不加控制的醫療消費導致少數地方醫患勾結，道德淪喪。有的人去醫院開藥，在藥店套現。有些處方其實可以開出電視機、洗衣機等生活用品。有些地方，醫院旁邊總是有很多購藥店。我國醫療費用快速膨脹的原因，既有醫藥衛生管理體制不完善、醫療生產成本上升、藥品銷售不規範等以藥補醫的因素，也有上述人為因素，不能不引起我們的思考和警惕。