自1954年建所以來，該所***獲得科技成果510項，其中：國家獎30項，省部級獎188項；尤其近五年來該所取得了壹系列重大的科技成果；高質量論文呈持續較大增長趨勢，學術影響不斷擴大。據院規劃戰略局發布的監測數據反饋報告（2010.04）：“與2004年相比，全院及資環組高質量論文整體呈穩步增長，沈陽應用生態所高質量論文呈持續較大增長趨勢”。在Journal of Ecology、Global Change Biology、Journal of Geophysical Research、Agriculture & Forest Meteorology、Soil Biology & Biochemistry、Journal of Agricultural & Food Chemistry、Environmental Science & Technology、Geochimica et Cosmochimica Acta等生態、環境和農業領域有重要影響的國際期刊上發文量持續增多。 據中國科學技術信息研究所“中國科技論文統計結果”排名，2008年沈陽生態所在環境科學類SCI論文高產機構排名（含國內大學及研究機構）中位列第14位，MEDLINE收錄論文位列國內研究機構的第16位，國內論文數位列全國研究機構的第18位，國內論文被引用次數（3124次）位列全國研究機構的第8位。
據中國科學技術信息研究所“中國科技論文統計結果”排名，2008年沈陽生態所在環境科學類SCI論文高產機構排名（含國內大學及研究機構）中位列第14位，MEDLINE收錄論文位列國內研究機構的第16位，國內論文數位列全國研究機構的第18位，國內論文被引用次數（3124次）位列全國研究機構的第8位。 改革和創新，使沈陽應用生態研究所實現了快速發展，科技競爭力快速提升、科技產出豐碩、對社會貢獻加大，並吸引和凝聚了壹批國內外優秀科技人才，為新世紀的發展奠定了基礎。
科技競爭力快速提升。1998-2001年，全所***承擔國家攻關課題21項、國家重點基礎研究課題4項、國家自然科學基金47項、中科院重點、重大、創新及百人計劃項目35項、省市課題60項、國際合作項目22項、橫向委托項目55項。其中：國家863項目《新型緩控釋肥料、生物肥料、高效有機無機復合肥》、國家十五科技攻關項目《科爾沁沙地退化草地植被恢復重點技術示範區》和國家計委產業化項目《內蒙古庫布其沙地植被快速建設產業化示範工程》獲得項目級主持地位，是該所國家級重大項目爭取上的重要突破，創收能力大幅增強。