1)增強免疫力。
幹擾素、白細胞介素等生物活性肽可以激活和調節機體的免疫反應，顯著提高人外周血淋巴細胞的增殖能力。動物實驗和臨床研究證明，胸腺肽5對免疫力低下和自身免疫性疾病患者的免疫功能具有重要的調節作用。
另壹項研究表明，蛋白質水解產生的壹些小肽具有免疫活性。它們不僅能增強機體免疫力，還能刺激淋巴細胞增殖，增強巨噬細胞的吞噬能力。這些免疫反應肽可以與腸黏膜結節和淋巴組織相互作用，也可以進入血液與外周淋巴細胞相互作用。此外，小分子肽還能增強肝細胞活力，有效調節T淋巴細胞亞群功能，增強體液免疫和細胞免疫，從根本上提高人體免疫力，是治療和預防各種肝病的有效制劑。
李曉雨等研究發現，酶解卵清蛋白小分子肽可以激活免疫系統，明顯增加淋巴細胞的數量和活性，明顯促進B細胞的功能(抗體產生)和T淋巴細胞的增殖。
2)抗菌和抗病毒
世界上發現的第壹個抗菌肽是天蠶素，是瑞典科學家Boman等人在1980用蠟狀芽孢桿菌誘導天蠶後產生的壹種具有抗菌活性的多肽物質。它被命名為天蠶素。隨後，在其他生物中發現了許多抗菌肽，如magainins、蜂毒肽、防禦素等。目前世界上已知的抗菌肽有1200多種。起初，人們發現這類活性肽對細菌具有廣譜、高效的殺菌活性，因此將其命名為抗菌肽。
國內外的研究結果表明，抗菌肽不僅具有廣譜的抗菌能力，而且對壹些細菌、真菌、原蟲、病毒和癌細胞有強大的殺滅作用。臨床試驗也表明，當機體感染細菌或可能導致細菌感染時，抗菌肽能迅速殺死入侵的細菌，防止細菌的繼續感染。自從發現抗菌肽以來，人們對抗菌肽的作用機制進行了大量的研究。目前已知抗菌肽作用於細菌細胞膜，通過增加細胞膜的通透性來殺滅微生物。
由於全球濫用抗生素，越來越多的細菌可能會發展成對傳統抗生素耐藥的菌株。人們迫切希望找到可以替代傳統抗生素的藥物，因此抗菌肽受到了廣泛的重視。
3)抗氧化和抗老化。
抗氧化肽是近年來被廣泛研究的壹類天然活性肽。它們能有效清除體內多余的活性氧自由基，保護細胞膜和線粒體的正常結構，防止脂質過氧化。氧化與人類的自然衰老以及癌癥、糖尿病、動脈硬化、阿爾茨海默病等多種疾病的發生發展密切相關。
研究最多的是抗氧化肽，如肌肽和谷胱甘肽。肌肽是壹種富含於動物肌肉中的天然二肽。能抑制體外鐵、血紅蛋白、脂質氧化酶、單肽氧催化的脂質氧化。
谷胱甘肽是由谷氨酸、半胱氨酸和甘氨酸組成的三肽。
谷胱甘肽具有許多生物功能，例如
它能保護細胞膜免受自由基氧化損傷；
能保護酶分子中的-SH基團，有利於酶活性的發揮，並能恢復受損酶分子中的-SH基團的活性功能，使酶重新獲得活性；
能保護血紅蛋白免受過氧化氫氧化、自由基氧化等，使其繼續正常發揮運氧作用；
能抑制乙醇侵入肝臟引起的脂肪肝；
能與進入體內的有毒化合物、重金屬離子或致癌物質結合，促進其排出體外，起到中和解毒的作用；
可緩解由輻射、放射性藥物或抗腫瘤藥物引起的白細胞減少等癥狀。
可減少色素沈著的發生，預防和延緩老年斑的出現等。
近年來，來源於食品蛋白的抗氧化肽因其良好的抗氧化活性和高安全性而受到國內外科學家的關註。大豆多肽是目前研究較多的壹種食源性生物活性肽。研究表明，大豆生物活性肽不僅具有抑制血壓升高、抗疲勞、增強免疫功能、降低膽固醇等多種生理功能，而且具有良好的抗氧化作用。榮建華等發現大豆分離蛋白經中性蛋白酶水解，水解物具有較強的抗氧化活性，在0.1~250mg/ml的濃度範圍內對·OH有明顯的清除作用。
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