腓力二世登基後，打敗了法國和奧斯曼帝國，成為歐洲最強大的君主之壹。但是，他父親留下的荷蘭問題仍然很棘手。
腓力二世首先把荷蘭讓給了查理五世和帕爾馬公爵的私生女瑪格麗塔，壹個以紅衣主教格拉夫拉為首的委員會協助瑪格麗塔。
瑪格麗塔、紅衣主教格拉夫拉等人繼續了此前在查理五世的宗教迫害，武裝鬥爭在荷蘭各地展開。奧蘭治的威廉·範·奧倫治王子和埃格蒙特伯爵等貴族要求腓力二世給予更多的政治參與權。
腓力二世被迫將紅衣主教格拉夫拉從荷蘭調來，但他在宗教上沒有屈服，繼續用武力維護自己的政策。後來瑪格麗塔也在奧蘭治王子和埃格蒙特伯爵的要求下在宗教政策上做出讓步，但腓力二世拒絕妥協。
1566年，荷蘭各地爆發了“摧毀偶像”的運動，幾個月之內就蔓延到了大半個荷蘭。腓力二世立即派阿爾瓦公爵·費爾南多·阿瓦雷茲·德托勒多率軍前往荷蘭鎮壓。
1567年8月，阿爾瓦公爵抵達荷蘭，荷蘭的防線被壹壹擊潰。瑪格麗塔被迫辭職，埃格蒙特伯爵等人被公開處決，奧蘭治王子逃到德國繼續組織雇傭軍參與鬥爭。
1568年，阿爾瓦公爵和奧蘭治王子之間爆發了赫裏萊戰役，阿爾瓦公爵傷亡慘重。但在兩個月後的赫明恩之戰中，奧蘭治王子的弟弟路易·德納希率領的654.38+10萬人被阿爾瓦公爵殲滅，奧蘭治王子只能再次流亡德意誌。
1572年，荷蘭各地相繼爆發武裝起義。奧蘭治王子從北向南行進，路易斯·德納什從南向北前進。阿爾瓦公爵面臨南北夾擊的威脅。但是，橘子君的缺人少錢影響了他的戰鬥力。在平定了南方各州之後，阿爾瓦公爵包圍了北方的許多城市，奧蘭治王子再次面臨失敗。
這時，法英開始支持荷蘭，荷蘭也殲滅了阿爾瓦公爵的海上艦隊。壹年後，阿爾瓦公爵因手術不利被召回西班牙。
腓力二世派了新總督Requesens，但西班牙軍隊因為欠賬多次嘩變。1574年，路易斯·德納舍從德國出發進攻萊頓，卻被西班牙軍隊擊敗。Luis Denashe被殺，但西班牙軍隊很快因拖欠工資再次嘩變。
奧蘭治王子帶領軍民堅守萊頓，西班牙軍隊最終不得不撤退；更糟糕的是，1575年，腓力二世再次宣布國家破產，這讓總督Requesens深感失望。Requesens死後第二年，西班牙軍隊再次嘩變。
1576年，腓力二世任命唐璜為荷蘭總督，卻無法阻止西班牙軍隊的暴行。荷蘭各省開始支持奧蘭治王子，決心恢復自治，趕走西班牙軍隊。
1577年，唐璜總督與荷蘭各省代表談判後，簽署了“永久法令”，轉讓了部分權力，腓力二世也將西班牙步兵團撤回意大利。
然而，總督唐娟仍然堅持宗教控制，雙方出現了很大的矛盾。唐娟總督幹脆召回了步兵團，帕爾馬公爵亞歷山大·法尼斯也被腓力二世派往荷蘭鎮壓。南方省的貴族向菲利普二世妥協。
1578年，唐璜總督去世，腓力二世任命帕爾馬公爵為新總督。帕爾馬公爵利用荷蘭南北沖突，分而治之。壹年後，10南方各州建立了“阿拉斯泰爾聯盟”，也就是後來的比利時；北方七個州也建立了烏得勒支聯盟，繼續與西班牙人對抗。
1581年，“烏特勒支聯盟”在海牙發布脫離西班牙獨立宣言，建立了與共和國統壹的荷蘭，也就是後來的荷蘭，並推選奧蘭治親王為首任執政。
菲利普二世非常生氣。1584年，他派人刺殺奧蘭治王子，然後奧蘭治王子的兒子拿騷的莫裏斯繼承了他的權力。帕爾馬公爵率領軍隊繼續對付慕黎斯王子，英國站出來與荷蘭壹起對付西班牙人。
1588年，西班牙無敵艦隊在與英國的戰爭中被擊敗，與聯合共和國聯合的荷蘭開始站穩腳跟。雖然未能統壹荷蘭南北，但在海上取得了壹個又壹個勝利，開始組建新的帝國。
荷蘭學者安東·範德倫在《海洋帝國的崛起》壹書中，重點講述了荷蘭80年的戰爭史，對這場戰爭的起源、演變和結果做了非常具有普遍性的闡述。
荷蘭原本是西班牙壓迫下的邊緣小國，最後卻壹舉成為“海上馬車夫”。這個海洋帝國的崛起史，值得我們仔細閱讀，深入思考。