1993年，陳和何希武(1993)從水資源管理的角度提出了區域綜合管理的必要性，後來成為中國地理學會副理事長的(1993)發表了《地理學與區域管理》壹文，從決策的角度闡述了“區域管理”的思想。另壹位學者，秦(。1994年，王政在中科院研究生院開設了“區域管理”課程，提出PRED協調是區域管理的核心，將人口和城市管理納入區域管理體系。該課程受到了大多數研究生的歡迎。此時，區域管理已被理解為除了“運行”之外，還包括行政、統籌、調控、治理等管理手段。2000年，王政(2000)撰寫了《區域管理與發展》，系統闡述了區域管理的思維方法，並通過經濟學討論論證了區域需要治理。與此同時，由柴、費紅平、沈建發、、周尚義、孔翔主編，王政主編的《地方管理叢書》也同時發行。與此同時，北京大學的顧朝林、閆小培、沈建發等。開展了大量的城市治理研究，將城市管理從城市運行管理、城市行政管理擴展到區域發展管理、公共服務管理和社會管理。200112北京大學成立城市與區域管理系，李國平成為第壹任系主任，這是全國綜合性大學首次招收城市管理本科生。這壹事件標誌著區域管理或城市與區域管理作為壹門學科的正式發展。2000年後，區域管理在中國發展迅速。國家自然科學基金設立了區域發展管理學科。該學科的建立將對區域管理學科的發展起到巨大的管理作用。於是中國的壹些區域管理問題成為區域管理的熱點。2002年，那玉林出版了《區域管理》壹書，試圖理清區域管理與行政的關系。2003年前後，流域管理與區域管理的整合成為熱門話題(張越，2002，水利部水務局，2003，從總體規劃到審核對區域管理進行了研究)。2004年以後，隨著國家領導人提出統籌區域發展和城鄉發展的思想，城市和區域管理的重點轉向區域規劃和城鄉規劃。劉長明、、陸大道等人(2005)將這些問題納入地理學發展的新方向，並有大量這方面的論文，如胡乃武、張(2004)、、何瓊等。(2007).並發表了壹些膾炙人口的文章，如(2005)、楊(2007)、(2007)。科普文章在普及區域管理理念方面發揮了重要作用。
在區域統籌的趨勢下，區域管理的思想導致了對區域再調控的認識——將區域劃分為總體主體功能區，以及陸大道(陸大道，2001，劉衛東，陸大道，2005)，李(李，欒峰，2004)，(範潔，2007)等對主體功能區的政策。總體功能區作為壹種管理思路，提出了區域的組織框架，將生態保護和產業鏈的理念註入區域管理，強調環境保護、產業集群和全球產業分工，成為中國新的發展思路。主體功能區關於區域重構和區域專業化的政策行為是中國區域管理思想從城市治理到區域治理的突破。
與建設主體功能區思想並行的是建設創新型國家戰略和知識經濟理論的發展，地理學家提出了區域知識管理的思想。區域知識管理，初步確立了區域創新體系的功能(劉艷華，李秀彬，1998)，進壹步發展了區域特色，強化了知識經濟下的新地理學(徐建華，1999)。經過持續發展，地理學家們先後介紹並提出了區域創新的管理模式、政策體系、管理措施、重點和基本原則(王政、趙景元，2006，張琳，2007)。
2000年以來，在城市管理領域，發展了以大城市為樞紐，構建網絡化城市體系的思想(譚，，楊，2001)。它強調建設壹個網絡化的大都市，打破原有的行政模式(李國平，2009)。作為主體功能區模型的補充，王政和楊念(2008，2009)強調建立區域樞紐網絡結構，形成多個平行的創新樞紐城市，而不是過去以單個城市為中心的結構。作為城市管理的內容，城市管治的內容來源於政治經濟學意義上的原有城市管治模式(沈建發，，2000，，莊林德，2000)，從而產生了以城市管治代替行政管制，實行區域壹體化，以利於產業發展或企業治理的思想(，吳，，2004，，簡伯秀)。
總之，在21世紀的第壹個十年裏，城市與區域管理發展學科迅速發展，新思想不斷湧現。。