為保證“嚴謹規範、公開透明”，學科評估按照以下程序進行，並將以下程序對參評單位預先明示。
1.數據采集
數據采集包括“公***數據采集”與“單位材料報送”兩部分。學位中心通過教育部、科技部、國家自然科學基金委、有關教指委、學會等官方數據源獲取公***數據；通過參評單位申報獲取參評學科數據。
2.數據核實
評估數據真實性是評估結果可靠性的重要保證。數據核查主要包括四個方面：壹是按數據采集標準，對單位填報數據進行篩查；二是開發專門系統，對多單位、多學科重復填寫的數據進行核查；三是利用學位中心構建的公***信息庫，開發專門系統對填報數據進行核對；四是對發表學術論文等數據進行抽查。此項工作是學科評估最重要的環節之壹，核查反饋材料多達近萬頁。
3.信息公示
在確保國家信息安全的前提下，對單位填報的部分信息在參評單位範圍內進行網上信息公示，接受各方異議，並對異議情況再按評估標準進行確認。
4.專家問卷調查
學科評估借鑒國內外經驗，采用“客觀評價和主觀評價相結合”的評價模式，邀請專家對學科聲譽、學術道德、社會貢獻與學生畢業後質量等進行主觀評價。主觀評價通過“問卷調查”方式進行，每個學科參與調查的壹般為50-100人。本次評估除邀請本學科專家外，還特邀了部分來自教育部、科技部、文化部、國家自然科學基金委等30多個部委及大型企業的近500名行業、企業界人士。
5.結果統計與發布
學科評估結果按照“精確計算、聚類統計”的原則產生。本輪評估首先按指標體系精確計算得到的原始得分，然後改變以往“四舍五入取整”產生並列排位的做法，采用“聚類統計”算法，將原始得分相近的聚為壹類，使得分類更科學、同壹類並列的單位更多，從而淡化名次，引導單位更加關註學科建設的優勢與不足。考慮到科研院所的特殊情況，高校和科研院所評估數據進行統壹計算，公布時分別排列。