1999年3月5日，團中央下發了《關於推進中國青少年新世紀讀書計劃的意見》，中國青少年新世紀讀書計劃正式啟動。
新世紀讀書計劃的總體構想是以團組織為主導，在社會各界的支持下，組織青少年開展讀書活動並為他們提供服務的工作項目。其宗旨是著眼於新世紀對人才素質的要求，推動廣大青少年形成學習知識的熱潮。該計劃主要由三個支點構成：以網絡建設為基礎，以主題活動為牽動，以指導措施為導向。三者有機配合，***同構成新世紀讀書計劃的運行機制。
(1)構建讀書網絡是實施新世紀讀書計劃的基礎。讀書網絡由兩個系統組成：壹是以組織開展讀書活動為重點的新世紀讀書俱樂部系統；二是以提供信息、提供書籍為重點的新世紀書屋系統。二者均以服務讀者為目標。
各級新世紀讀書俱樂部的主要職能是：組織開展形式多樣的讀書活動；為青少年提供導讀、評價等服務；促進青少年讀書群體之間的交流和聯誼；發展會員、收繳會費並進行管理等。企業、農村(鄉鎮和有條件的村)、機關、學校、科研院所、街道等基層團組織，通過發展個人會員的方式掛牌建立新世紀讀書俱樂部。縣以上團組織以發展集體會員為主、發展個人會員為輔的方式掛牌建立新世紀讀書俱樂部。這類俱樂部往往規模較大，工作任務重，因此可以聘請專門人員協助俱樂部實施管理和開展活動。有條件的團組織可直接面向社會，根據青少年讀者的年齡層次、興趣愛好、專業特點等，建立不同類型的讀書俱樂部，或把青少年中業已存在的讀書社團、興趣小組等改建成新世紀讀書俱樂部。
團中央聯合有關部委，成立了中國青少年新世紀讀書計劃指導委員會和中國青少年新世紀讀書計劃組織委員會，組建了“中華青少年新世紀讀書俱樂部”，作為新世紀讀書計劃的專門工作機構。這個讀書俱樂部的主要工作職責：壹是組織開展全國性讀書活動；二是指導各地建立讀書俱樂部；三是指導新世紀書屋的建設、運作和管理。中華青少年新世紀讀書俱樂部具有圖書批發權，協調全國性的圖書出版部門商定相應折扣，統壹向各地的新世紀書屋和中華青少年新世紀讀書俱樂部的個人會員提供優質書籍。
新世紀書屋作為中華青少年新世紀讀書俱樂部在各地的圖書銷售代理機構，是為讀書俱樂部會員提供服務的經濟實體。其基本職能是：為俱樂部會員提供優惠售書服務；開展圖書租借服務；為青少年讀書活動提供場所等。有條件的讀書俱樂部建立書屋，首先應征得省級團委的同意。同時積極爭取社會各方的支持，並根據中華青少年新世紀讀書俱樂部的有關要求進行建設。中華青少年新世紀讀書俱樂部將與書屋簽訂經濟合同，通過直接投資、業務管理(購書折扣、信息等)、名稱授權等方式對書屋實施管理。
各省(區、市)發展的讀書俱樂部會員數達到中華青少年新世紀讀書俱樂部的有關指標，中華青少年新世紀讀書俱樂部將授權省級讀書俱樂部指定或建立書屋作為中華青少年新世紀讀書俱樂部在該地區的總代理，負責本地所有新世紀書屋的圖書批發業務。
新世紀讀書俱樂部和新世紀書屋之間職能互補，相互促進，***同發展。俱樂部利用書屋的陣地依托和服務功能，組織和吸引更多的青少年參與讀書，不斷拓展活動的覆蓋面；書屋根據俱樂部會員的讀書需求發布圖書信息，開展優惠售書、圖書租借、舉辦讀書服務活動等，及時為會員提供又多又好的圖書。書屋將通過多方面服務，擴大社會影響，吸引更多讀者，最終實現在市場中自我生存、自我發展。
(2)開展主題讀書活動，牽動新世紀讀書計劃實施。團中央要求各地團組織要大力組織和動員廣大青少年開展主題讀書活動。動員社會各方面的力量，根據黨和政府的工作重心、經濟社會發展的熱點和青少年關心的話題，結合重大節日、紀念日，確定階段性活動主題；也可以將普及各學科領域的基本知識(如經濟、管理、電腦網絡、農村實用生產技術、環保等)作為主題，通過舉辦讀書會、專題討論會、演講會、辯論賽、征文比賽、知識競賽等，有計劃、有步驟地開展主題讀書活動。要立足青少年的讀書需求，定期或不定期邀請專家學者以及圖書出版發行單位舉辦講座、報告、座談等活動。並為青少年提供信息咨詢、推薦書目、導讀導購、優惠售書等集中的服務。各級團組織要充分運用新世紀讀書論壇、新世紀讀者日等載體開展主題讀書活動，並結合實際，不斷豐富主題讀書活動的內容和形式，以主題活動牽動全團，不斷形成讀書學習的熱點，引起社會輿論的關註，提高新世紀讀書計劃的知名度，使新世紀讀書計劃能夠長期持久地影響社會、影響青少年。
(3)新世紀讀書活動的主要指導措施包括4個方面：壹是設立新世紀讀書榜。為確保新世紀讀書榜具有較高的科學性和權威性，團中央在中國青少年新世紀讀書計劃組織委員會推薦書目的基礎上，委托專門機構建立科學的統計評價指標體系，綜合專家學者、讀書俱樂部會員以及圖書出版、發行和新聞單位的意見***同議定全國級的新世紀讀書榜，以中國青少年新世紀讀書計劃組織委員會的名義推出，並在全國性的傳媒上公布。二是編寫《青少年新世紀叢書》。團中央邀請了各學科領域壹流的專家學者針對青少年特點，編寫《青少年新世紀叢書》，深入淺出地介紹各學科的基礎知識和最新成果。三是建新世紀讀書計劃專家指導團。中國青少年新世紀讀書計劃組織委員會聘請了全國著名專家學者，以義務指導的方式，赴部分城市、廠礦、學校、農村為青少年讀書活動開展巡回報告、講座、座談等。各地團組織也發揮城市科技、文化、信息、人才等優勢，定期或不定期組織當地專家學者深入基層的讀書俱樂部開展活動，努力擴大活動覆蓋面和影響面。四是建立新世紀讀書計劃基金。團中央籌建了“中國青少年新世紀讀書計劃基金”，為實施新世紀讀書計劃提供保障，並要求各地根據情況設立新世紀讀書計劃基金。