失業保險基金實行收支兩條線管理，會計核算采用收付實現制。財務管理包括收入、支出、會計核算、預算、決算等。
經辦機構應定期與稅務機關、財政部門和銀行對賬。對賬有差異的，須逐筆查清原因，予以調節，做到賬賬、賬款、賬實相符。 壹、經辦機構對失業保險基金收入、上級補助收入、下級上解收入、轉移收入等到賬信息予以確認，並按規定進行相應記錄。
二、經辦機構應按規定將收入戶存款於每月月末全部轉入財政專戶。
三、對參保單位或職工個人在本省（自治區、直轄市）範圍內成建制跨統籌地區轉移或轉換工作單位、按規定需要轉移失業保險費的，對失業人員在領取失業保險金期間跨省（自治區、直轄市）流動的，經辦機構根據失業保險費（費用）到賬情況進行相應記錄。 壹、經辦機構根據失業保險基金支出計劃，按月填寫用款申請書，並註明支出項目，加蓋本單位用款專用章，在規定時間內報送同級財政部門審核，並確認財政專戶撥入支出戶資金的到賬情況。
二、經辦機構對失業保險待遇支出核定匯總表等資料進行復核，復核無誤後，將款項從支出戶予以撥付。
三、參保單位或職工個人在本省（自治區、直轄市）範圍內成建制跨統籌地區轉移或轉換工作單位、按規定需要轉移失業保險費的，失業人員跨省（自治區、直轄市）流動的，經辦機構根據《參保單位失業保險關系轉遷證明》、《失業人員失業保險關系轉遷證明》及相關材料，與轉入地經辦機構確認開戶行、賬號、機構名稱後，從支出戶支付有關失業保險費（費用）。
四、對轉移支出、補助下級支出、上解上級支出等款項，經辦機構根據有關規定或計劃從支出戶撥付。 壹、經辦機構根據基金收入情況，及時填制收入記賬憑證。
（壹）經辦機構征收的失業保險費收入，根據銀行出具的原始憑證、失業保險基金專用收款收據、《失業保險繳費核定匯總表》(表3-6)等，填制記賬憑證。
稅務機關征收的失業保險費收入，以財政部門出具的財政專戶繳撥憑證或稅務機關出具的稅收通用繳款書或稅收完稅憑證等作為原始憑證，並根據稅務機關提供的失業保險費實繳清單，填制記賬憑證。
（二）“收入戶存款”、“支出戶存款”、“財政專戶存款”、“債券投資”形成的利息，根據銀行出具的原始憑證和財政部門出具的財政專戶繳撥憑證及加蓋專用印章的原始憑證復印件，填制記賬憑證。
（三）劃入財政專戶的財政補貼收入，根據財政部門出具的財政專戶繳撥憑證及加蓋專用印章的原始憑證復印件，填制記賬憑證。
（四）劃入收入戶或財政專戶的轉移收入，根據銀行出具的原始憑證或財政部門出具的財政專戶繳撥憑證等，填制記賬憑證，同時登記備查。
（五）上級補助收入和下級上解收入，根據銀行出具的原始憑證或財政部門出具的財政專戶繳撥憑證等，填制記賬憑證。
（六）滯納金等其他收入，根據銀行出具的原始憑證或財政部門出具的財政專戶繳撥憑證等，填制記賬憑證。
二、對發生的每筆基金支出，經辦機構應按規定及時填制支出記賬憑證。
（壹）失業保險金、醫療補助金、喪葬撫恤補助、職業培訓和職業介紹補貼、其他費用等項支出，根據轉賬支票存根和銀行出具的原始憑證及相關發放資料等，填制記賬憑證。基本生活保障補助支出，以財政部門出具的財政專戶繳撥憑證填制記賬憑證。
（二）轉移支出，根據銀行出具的原始憑證和《參保單位失業保險關系轉遷證明》、《失業人員失業保險關系轉遷證明》等，填制記賬憑證。
（三）補助下級支出和上解上級支出，以銀行出具的原始憑證或財政部門出具的財政專戶繳撥憑證等，填制記賬憑證。
（四）經財政部門核準開支的其他非失業保險待遇性質的支出（如臨時借款利息等）在“其他支出”科目核算，從支出戶或財政專戶劃轉。經辦機構以銀行出具的原始憑證或財政部門出具的財政專戶繳撥憑證等，填制記賬憑證。
三、按規定用結余基金購買的國家債券或轉存定期存款，經辦機構以財政部門出具的財政專戶繳撥憑證和加蓋專用印章的原始憑證復印件填制記賬憑證。
四、經辦機構根據收付款憑證登記“現金日記賬”、“收入戶存款日記賬”、“支出戶存款日記賬”和“財政專戶存款日記賬”。按科目分類匯總記賬憑證，制作科目匯總表，登記總分類賬。
五、經辦機構應定期將“收入戶存款日記賬”、“支出戶存款日記賬”與“銀行對賬單”核對，將“財政專戶存款日記賬”與財政部門對賬單核對。每月終了，收入戶存款賬面結余、支出戶存款賬面結余與銀行對賬單余額之間如有差額，財政專戶失業保險基金存款賬面結余與財政部門對賬單余額之間如有差額，經辦機構應按月編制銀行收入戶存款、銀行支出戶存款、財政專戶存款余額調節表，調節相符。
六、經辦機構根據總分類賬、明細分類賬等，定期編制會計報表。 壹、年度終了前，經辦機構根據本年度基金預算執行情況和下年度基金收支預測，編制下年度基金預算草案，按程序報批。
二、經辦機構根據批準的預算，填制預算報表，並根據基金收支情況，定期報告預算執行情況。
三、因特殊情況需要調整預算時，經辦機構應編制預算調整方案，按程序報批。 壹、經辦機構根據決算編制工作要求，於年度終了前核對各項收支，清理往來款項，同開戶銀行、財政專戶、國庫對賬，並進行年終結賬。
二、年度終了後，經辦機構根據決算編制工作要求，編制資產負債表、基金收支表、有關附表以及財務情況說明書，對重要指標進行財務分析，形成年度基金財務報告，並按程序報批。