根據上述職責，市教育局內設10個科室：
辦公室
（政策法規科、教育安全穩定辦公室）
綜合協調局機關日常政務；負責文秘、文電、機要、會務、檔案、保密、信息綜合、信訪、督查督辦、政務公開、新聞宣傳、信息化、保衛、計劃生育、社會治安綜合治理、接待和後勤保障等工作；承擔局機關財務和資產管理工作；研究教育改革與發展戰略並就重大問題進行政策調研；起草有關地方性規範性文件；負責本局及本局起草的市政府規範性文件管理工作；協調和指導全市教育行政執法，承辦市本級教育行政復議、行政應訴工作；統籌組織、指導全市教育安全穩定工作。
計劃財務科
負責擬訂全市教育事業發展規劃及全市高中教育階段招生計劃；指導全市中小學校布局規劃；負責市屬學校的設置、撤並和調整；負責全市教育基本信息的統計、分析、發布和事業發展監測；參與擬訂全市教育經費籌措和管理的政策，統計並監督全市教育經費投入、執行情況和教師工資發放情況；會同有關部門管理國家、省下撥的和市本級教育專項經費、各種外資和國內捐贈款；會同有關部門擬訂和規範各級各類學校收費標準，執行各級各類學校建設標準，指導協調全市學校建設安全工作；指導、管理、監督市直教育單位基建、國有資產管理、政府采購等工作；會同有關部門籌措並管理資助經濟困難學生的經費；指導全市各級各類學校後勤管理工作；承擔對所屬單位的內部審計工作。
教師工作與師範教育科
規劃並指導全市各級各類學校（含幼兒園）教師隊伍建設；組織、指導教師資格制度、教師職務制度的實施；負責各級各類學校學科帶頭人、青年骨幹教師和特級教師的培養和管理工作；負責全市中小學教師培養的統籌規劃和專項培養計劃的組織實施，組織、指導中小學教師、中小學校長、幼兒園園長和其他管理人員的業務培訓工作；指導教師進修學校和師範學校的教育教學工作。
基礎教育科
承擔義務教育、普通高中、學前教育和特殊教育的管理工作；組織執行基礎教育改革和發展的基本政策及基本教育教學文件與評估標準，組織指導基礎教育的教育教學改革；會同有關部門組織實施基礎教育辦學標準；指導少數民族教育工作，協調對少數民族和少數民族地區及貧困地區的教育援助；指導中小學德育、校外教育，協調中小學科普教育工作；負責普通高中學籍管理及高、初中學業考試和招生的組織工作；監測全市中小學教學質量；歸口管理中小學教材（含音像教材）、配套用書，組織對經省教育廳委托編寫的中小學教材、教輔資料、學生配套用書的審定；指導中小學教學信息化、圖書館和實驗設備配備工作；負責省、市示範性高中、實驗學校、幼兒園建設報批或認定工作；歸口管理中小學競賽活動；負責基礎教育學校教學常規管理工作；參與審查有關保送生資格與報批工作；參與指導中小學布局調整、教師和校長隊伍建設工作；指導市屬基礎教育學校有關工作；指導基礎教育學校的安全穩定工作；協調、指導掃除青壯年文盲工作。
職業教育與成人教育科
(高等教育管理辦公室)
承擔全市職業教育與成人教育統籌規劃、綜合協調和管理工作，協調指導終身教育工作；組織執行中等職業學校和獨立設置的高等職業技術學校、獨立設置的成人高等學校的教學指導文件及評估標準，指導教學改革；負責中等職業學校、成人學校、職工學校、職業教育培訓中心和非師範類高函站設置、調整的有關審查；指導中等職業學校、成人學校的專業設置和調整審核、教材建設，並負責學籍管理工作；參與指導中等職業學校、成人學校的教師隊伍建設工作；擬訂全市中等職業學校的招生辦法，會同有關部門組織實施高中階段招生工作；指導中等職業學校德育工作和安全穩定工作；協調指導全市農村、城市教育綜合改革；負責聯系湘南學院、郴州職業技術學院有關工作。
學生資助科
（學生科、畢業生就業辦公室）
負責全市資助經濟困難學生的日常管理工作；負責受助學生的核查及受助資金的發放；發動、組織和接受社會各界捐款，開展貧困學生資助活動；協同有關部門統籌安排中小學生助學金、“兩免壹補”經費，並對經費使用情況進行監督；組織開展高校生源地貸款管理工作；指導和協調高等學校、中等職業學校及高等教育自學考試招生工作；承辦市招生委員會、自學考試委員會交辦的有關工作；參與擬訂高等學校、中等職業學校畢業生就業政策；負責擬訂並組織實施高等學校、中等職業學校畢業生就業方案，指導畢業生離校前的就業指導和服務工作；承辦畢業生報到和檔案接轉工作；組織實施國家急需畢業生的專項就業計劃。
民辦教育科
擬訂全市民辦教育發展規劃和政策措施；綜合指導全市民辦教育改革和發展；按有關規定牽頭組織對民辦學校進行綜合性檢查評估；協調處理民辦教育改革和發展過程中的***同性矛盾和問題。
體育衛生藝術教育科
指導全市各級各類學校體育、衛生與健康教育、藝術教育、國防教育工作；擬訂並指導實施相關政策和教育教學指導性文件；指導相關專業的教學資源建設；組織、指導全市學校學生體育運動競賽和藝術交流活動；指導、協調學校國防教育和學生軍訓工作；協同有關部門指導學校衛生、健康教育和食品安全工作。
行政審批科
根據授權，統壹受理並組織辦理本局有關行政許可、非行政許可審批、年審年檢、行政事業性收費等事項。
政工科
負責局機關和直屬單位組織、機構編制、人力資源和社會保障等工作；承擔局機關離退休人員管理服務工作，指導直屬單位離退休人員管理服務工作；參與全市性有關各級各類學校機構編制、人事管理、教師聘任、勞動工資和收入分配等工作的組織實施；指導學校人事制度改革，組織、指導全市教育績效考核；承辦全市性教育系統表彰獎勵工作；協調指導教育基金會秘書處工作；負責市直教育系統幹部隊伍建設、思想政治工作和精神文明建設的組織實施。
局機關黨組織按有關章程設置，負責局機關及其直屬單位的黨群工作。
紀檢（監察）機構按有關規定設置。