(壹)差額部分，自收自支事業單位原工資構成中補貼比例按國家規定高於30%的部分(不含特殊崗位原工資構成比例提高的部分)，計入本單位績效工資總額，按本單位績效工資分配辦法執行，不再另行發放。
(二)納入崗位(職務)補貼、物價福利補貼、規範公務員津貼補貼以來為提高事業單位收入水平而進行的增資，以及其他合規合法的津貼、獎金等。，並全部納入合並後的績效工資管理，不再單獨發放。補貼、獎金等。由事業單位自行發行的壹律取消。
(三)實行績效工資後，人力資源和社會保障部(原人事部)和國務院財政部或國務院授權的特殊崗位津貼，以及按照規定標準發放的政府特殊津貼、獨生子女獎勵費和援藏(疆)津貼，不納入績效工資管理，繼續按現行規定執行。
(四)在中央紀委、中央組織部、監察部、財政部、人事部、審計署《關於加強公務員工資管理的通知》(中辦發〔2005〕10號)下發前，事業單位在規定標準和範圍內發放的改革補貼暫予保留，不納入績效工資。在規範措施出臺前，不得出臺新的改革補助項目、提高現有改革補助項目標準和擴大分配範圍。
(五)在實施績效工資的同時，發放事業單位退休人員補貼。其中，離退休人員補貼水平按市紀委、市委組織部、市監察局、市財政局、市人力資源和社會保障局、市審計局《關於提高離退休人員待遇的通知》(市紀委發〔2009〕8號)精神執行；退休人員補貼標準由市、縣(區)人社和財政部門確定。
1993工資制度改革前退休的失業人員(無技術等級)，按以下補貼標準執行:
無職務的退休幹部，補貼標準按1985工資改革前實行的標準工資(六個工資區)確定:原標準工資超過138元的，按縣級補貼標準執行；原標準工資87.5元以上的，按正廳級補貼標準執行；原標準工資在70元及以上的，按副科級標準補貼；原標準工資低於70元的，按機關工作人員補貼標準執行。
無技術等級的退休工人，工作滿30年以上的，按高級工補貼標準執行；工齡不滿29年的，按中級工補貼標準執行。
(六)績效工資不作為計算離退休費用的基數。在職人員從批準退休的次月起執行同崗位退休人員的補貼標準。未退休或不在崗的，執行退休人員生活補貼標準。
(七)在崗位設置中擔任“雙職”的，可按較高的績效工資標準執行。
(八)在職人員在法定節假日休假的，不扣減基本績效工資。當月事假超過15天(含15天)的，按當月基本績效工資的80%發放；病假超過6個月的，從第7個月起按80%發放基本績效工資。
(9)實行績效工資後，在職人員住房租金補貼仍按13%的比例不變。以基本工資(崗位工資、薪級工資和教師、護士工資增加10%)和績效工資(基本績效工資乘以10除以6.5)之和為基數，退休人員以基本退休費和生活補貼之和為基數。其他項目不作為住房租金補貼的基數。
(十)實行績效工資後，事業單位不得在核定的績效工資總額之外發放任何補貼或獎金，不得超過核定的績效工資總額，不得違反規定的程序和方式發放。各級紀檢監察機關、人民團體、財政、審計部門要密切配合，建立監督檢查機制，加強對事業單位績效工資政策執行情況的監督檢查。對違反政策規定的，堅決糾正，嚴肅處理。