壹是建設單位向縣級國土部門提出占用基本農田保護區土地的申請。申請書內容包括:保護區內土地的位置、範圍、保護等級、占用面積和數量，以及範圍為1: 10000的基本農田保護區分布圖復印件。
二、縣級國土部門會同農業、海洋與水產、林業和水利等行政部門實地審查，分別簽署意見，連同保護區調整意見(包括位置、地類、面積、肥力狀況等)，上報給了地市級國土部門。
三是地級以上市國土部門會同農業、海洋與水產、林業、水務等行政主管部門簽署意見，報同級人民政府審批，提交同級人民代表大會或常務委員會審議，人民政府根據審議意見辦理審批。
超出權限範圍的，再報省或國務院批準。第五條占用基本農田保護區土地的審批權限:
占用壹級基本農田或占用二級基本農田50畝以上的，報省審批；占用二級基本農田不足50畝的，由地級以上市審批，並報省級國土部門和農業行政主管部門備案。第六條經批準占用基本農田保護區土地的，縣級國土部門應當會同農業行政主管部門和被占用耕地所在鄉(鎮)人民政府，按照基本農田保護區劃定程序，將同等數量和質量的非保護耕地劃入基本農田保護區，確保保護區的相對穩定。基本農田調整原則上應在鄉(鎮)範圍內進行。鄉(鎮)無耕地需要調整的，應逐級申報，可在縣(市、區)、市範圍內調整。調整時，應當從按每畝不低於2500元收取的耕地開墾費中補償給調整後的鄉(鎮)，用於農田建設。第七條經批準占用基本農田的，其土地補償費按我省現行土地補償費標準的高限增加2-4倍計算補償；占用二級基本農田的，按現行土地補償標準上限增加2-3倍計算補償。鄉(鎮)人民政府應當預留30%的土地補償費，用於基本農田保護區的農田建設。其余部分按土地補償費管理和使用的有關規定用於發展集體生產。
經批準占用基本農田保護區耕地的單位或者個人，必須負責開墾與所占耕地數量和質量相當的耕地；沒有條件開墾或者耕地不符合要求的，按照以下標準繳納或者補足基本農田保護區耕地開墾費(即《廣東省基本農田保護區管理條例》第十壹條規定的基本農田保護區建設基金，下同):壹級基本農田每平方米18-20元；二級基本農田每平方米15-17元。具體標準由市、縣價格主管部門審核後，由同級人民政府確定。第八條耕地開墾費由市、縣國土資源部門收取，財政部門專用票據管理。
土地復墾費實行分級管理和使用，由農業行政主管部門會同土地、海洋與水產、林業、水務等行政主管部門提出計劃，報同級人民政府批準後專項用於基本農田保護區各項設施的維護和建設，進行土地復墾和復墾。
以國家投資為主的水利、交通、能源、通信、國防軍工、公益事業等大中型建設項目，經省級計劃、財政、土地、農業等部門簽訂協議，建設單位可依據《國務院基本農田保護條例》和《廣東省基本農田保護區管理條例》申請減免耕地開墾費。九條壹級基本農田不得改作魚塘和水果等其他經濟作物。確需在二級基本農田改種木本水果的，應當向縣級以上農業行政主管部門提出申請，由農業行政主管部門會同國土部門審查簽署意見，報同級人民政府批準。每宗100畝的調整，報省人民政府批準；調整每宗100畝以下50畝以上報市人民政府審批；每宗50畝以下的調整，由縣(市、區)級人民政府批準，並報上壹級農業行政主管部門和國土部門備案。第十條各級農業行政主管部門應當切實做好所轄基本農田保護區的農田建設總體規劃，有計劃、有步驟地將保護區內的農田建設成為穩產高產農田，並建立耕地地力波動獎懲制度。
基本農田保護區的環境保護和施肥規定，按照國務院《基本農田保護條例》的有關規定執行。第十壹條各級人民政府應當建立基本農田保護區管理和建設責任制，將其納入各級領導年終政績考核的主要內容。實行年度檢查制度，對保護基本農田做出顯著成績的單位和個人應當給予表彰和獎勵；對失職造成基本農田破壞的，要嚴肅處理。第十二條違反本辦法第五條，超越權限批準占用基本農田的，依照《中華人民共和國土地管理法》的有關規定予以處罰；對主要責任人，由其所在單位或者上級主管部門給予行政處分。違反本辦法第九條規定，未經批準在二級基本農田保護區種植木本水果的，由農業、土地行政主管部門責令限期恢復原種植條件或者負責恢復原種植條件所需費用。第十三條本辦法自發布之日起施行。
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