為實現海峽兩岸海上客貨直接運輸，促進經貿交流，便利人民往來，海峽兩岸關系協會與財團法人海峽交流基金會就兩岸海運直航事宜，經平等協商，達成協議如下：
壹、經營資格
雙方同意兩岸資本並在兩岸登記的船舶，經許可得從事兩岸間客貨直接運輸。
二、直航港口
雙方同意依市場需求等因素，相互開放主要對外開放港口。
三、船舶識別
雙方同意兩岸登記船舶自進入對方港口至出港期間，船舶懸掛公司旗，船艉及主桅暫不掛旗。
四、港口服務
雙方同意在兩岸貨物、旅客通關入境等口岸管理方面提供便利。
五、運力安排
雙方按照平等參與、有序競爭原則，根據市場需求，合理安排運力。
六、稅收互免
雙方同意對航運公司參與兩岸船舶運輸在對方取得的運輸收入，相互免征營業稅及所得稅。
七、海難救助
雙方積極推動海上搜救、打撈機構的合作，建立搜救聯系合作機制，***同保障海上航行和人身、財產、環境安全。發生海難事故，雙方應及時通報，並按照就近、就便原則及時實施救助。
八、輔助事項
雙方在船舶通信導航、證照查驗、船舶檢驗、船員服務、航海保障、汙染防治及海事糾紛調處等方面，依航運慣例、有關規範處理，並加強合作。
九、互設機構
雙方航運公司可在對方設立辦事機構及營業性機構，開展相關業務。
十、聯系主體
（壹）本協議議定事項，由海峽兩岸航運交流協會與臺灣海峽兩岸航運協會聯系實施。必要時，經雙方同意得指定其他單位進行聯系。
（二）本協議其他相關事宜，由海峽兩岸關系協會與財團法人海峽交流基金會聯系。
十壹、協議履行及變更
（壹）雙方應遵守協議。協議附件與本協議具有同等效力。
（二）協議變更，應經雙方協商同意，並以書面方式確認。
十二、爭議解決
因適用本協議所生爭議，雙方應盡速協商解決。
十三、未盡事宜
本協議如有未盡事宜，雙方得以適當方式另行商定。
十四、簽署生效
本協議自雙方簽署之日起四十日內生效。
本協議於十壹月四日簽署，壹式四份，雙方各執兩份。
附件：海峽兩岸直航船舶、港口安排
海峽兩岸關系協會 財團法人海峽交流基金會
會長 陳雲林 董事長 江丙坤
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附件：