農村合作醫療大病救助申請流程為：第壹，疑似重大疾病患者須持社保卡到縣新農合重大疾病定點醫療機構就診，確診後可入院治療。第二，對於符合救治條件的重大疾病患者，定點醫院將在就診申請單上簽署意見，按照醫院規定及時收治入院。第三，患者在確診後3至4日內，要攜帶定點醫院的就診申請單、社保卡、代辦人身份證等相關材料，到參合地縣級新農合經辦機構辦理審核手續。第四，患者取得參合地新農合管理中心及縣(市、區)民政部門審批同意後，定點醫療機構應與患者簽訂單病種定額、按床日付費治療協議，承諾按臨床路徑或診療常規診療。
合作醫療和農村合作醫療有什麽區別
公司交的五險保障範圍廣，繳費高，相對來說，待遇也高壹些。農村合作醫療保險繳費低，報銷比例也相對低壹些。兩種保險不能重復享受，所以不需要壹起交，在公司交五險的情況下，可以把農村合作醫療保險停繳。社會保險是壹種為喪失勞動能力、暫時失去勞動崗位或因健康原因造成損失的人口提供收入或補償的壹種社會和經濟制度。社會保險計劃由政府舉辦，強制某壹群體將其收入的壹部分作為社會保險稅（費）形成社會保險基金，在滿足壹定條件的情況下，被保險人可從基金獲得固定的收入或損失的補償，它是壹種再分配制度，它的目標是保證物質及勞動力的再生產和社會的穩定。社會保險的主要項目包括養老保險、醫療保險、失業保險、工傷保險、生育保險。農村醫療保險，是我國社會保障的壹部分，農村合作醫療制度是由政府支持、農民群眾與農村經濟組織***同籌資、在醫療上實行互助互濟的壹種具有醫療保險性質的農村健康保障制度。即農民每年交壹定數額的合作醫療資金，集體與政府也可投入壹部分，***同形成專項基金，農民就醫時可按壹定比例報銷醫藥費。
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法律依據：
《中華人民***和國社會保險法》第十二條
用人單位應當按照國家規定的本單位職工工資總額的比例繳納基本養老保險費，記入基本養老保險統籌基金。
職工應當按照國家規定的本人工資的比例繳納基本養老保險費，記入個人賬戶。
無雇工的個體工商戶、未在用人單位參加基本養老保險的非全日制從業人員以及其他靈活就業人員參加基本養老保險的，應當按照國家規定繳納基本養老保險費，分別記入基本養老保險統籌基金和個人賬戶。
第二十三條職工應當參加職工基本醫療保險，由用人單位和職工按照國家規定***同繳納基本醫療保險費。
無雇工的個體工商戶、未在用人單位參加職工基本醫療保險的非全日制從業人員以及其他靈活就業人員可以參加職工基本醫療保險，由個人按照國家規定繳納基本醫療保險費。
第三十五條用人單位應當按照本單位職工工資總額，根據社會保險經辦機構確定的費率繳納工傷保險費。
第四十四條職工應當參加失業保險，由用人單位和職工按照國家規定***同繳納失業保險費。
第五十三條職工應當參加生育保險，由用人單位按照國家規定繳納生育保險費，職工不繳納生育保險費