麗江納西族自治縣人民政府設立麗江歷史文化名城保護管理委員會，負責統壹管理，協調有關部門的管理工作。保護管理委員會下設辦公室，負責處理保護管理的日常工作。
鄉（鎮）人民政府根據工作需要，可以建立相應的保護管理機構，負責本轄區內的保護管理工作，其具體工作職責，由麗江納西族自治縣人民政府制定。第五條 縣、鄉（鎮）人民政府要增加歷史文化名城建設與保護管理經費的投入，同時通過各種渠道籌集保護資金，設立歷史文化名城保護基金。第六條 各機關、企業、事業單位和其他組織及個人，都有保護歷史文化名城的義務，必須遵守本條例。第七條 在保護管理工作中貫徹執行本條例作出顯著成績的單位和個人，由保護管理機構給予獎勵；成績特別顯著的單位和個人，由自治縣人民政府給予獎勵。第二章 大研古城保護管理第八條 對具有重大歷史文化價值和民族特色的大研古城，實行重點保護，確保其原有的總體布局、形式、風格和風貌。城內房屋建築、道路、水系的保養、維修、改造、重建工作，都必須堅持保持原狀的原則進行，嚴格控制建築密度，禁止新建與其風格不協調的建築物。第九條 大研古城分為三級保護區。壹級保護區為：四方街、木家院、翠文巷、黃山段、官院巷、金星巷、光碧巷、密士巷、積善巷、興仁上段、興仁中段、興仁下段、文智巷、石牌坊遺址、人民廣場、白馬龍潭、黑龍潭、大佛寺、普賢寺、獅子山等及其附屬建築物；二級保護區為：城內主要中心街道、水系及其附屬建築物；三級保護區為：除壹、二級保護區以外的其他地段及其建築物。
壹級保護區為嚴格保護級，在該區內房屋和設施整修、新建和功能配置調整，都必須保持原狀；二級保護區為風貌保留級，凡與古城功能、性質無直接關系的設施，不在該區內建設，確需改建、新建的建築物，應與相鄰部位的風貌相壹致；三級保護區為風貌整理級，該區內可以進行與古城環境相協調的建設。第十條 大研古城內的建築物、道路、水系和其他設施，任何單位和個人不得擅自移動、拆除和改建，不得任意損壞、改變其原來的形狀和特征。需要進行保養、維修、改造、重建的工程，必須按照保護管理等級分別由有關部門提出實施方案，經自治縣人民政府批準，方可施工。第十壹條 大研古城內的單位和個人需要進行維修、改造、重建、新建的工程，必須向城市建設主管部門辦理申請和批準手續，取得許可證以後，嚴格按規定進行施工和驗收，並接受保護管理委員會和主管部門的指導與監督。第十二條 在大研古城的周圍，建立保護性建設控制地帶。建設控制地帶範圍，由自治縣人民政府劃定。在建設控制地帶範圍內必須按照總體規劃進行建設，新建的建築物，不得高於大研古城內古建築物的高度。第十三條 大研古城內必須嚴格控制建築密度，堅持統籌規劃、合理疏散的原則；在大研古城外有計劃、有步驟地建設新居民區。第十四條 逐步調整大研古城內的產業結構，重點發展具有地方民族特色的無汙染、無公害的產業。合理安排古城內商品經營市場布局，因地制宜地分別建立民族文化區、傳統工藝制品區、民族風味食品區、旅遊觀光區等街區。
在大研古城內不得新建有汙染、公害的企業，已建成的，必須限期治理或者搬遷。第十五條 加強大研古城道路保護與交通安全管理。古城內街道，除了經批準的生活、衛生、消防、市政等特許用車外，小型機動車輛必須在限定時間內通行，其他機動車輛禁止通行。第十六條 加強大研古城水系的保護管理，采取措施保護水源，加固和保養河堤，清除河床淤積，保持河水潔凈和水質衛生。禁止向河內傾倒垃圾和汙染物質。