4月19日，國家發改委發布《粵港澳大灣區建設和長三角區域壹體化發展中央預算內投資專項管理辦法》。《辦法》明確，專項資金將直接撥付項目，支持粵港澳大灣區建設和長三角區域壹體化發展。粵港澳大灣區建設通過直接投資安排支持地方政府投資項目。長三角壹體化發展支持符合條件的政府投資項目，按照有關規定采取直接投資或資本金註入方式。
關於支持粵港澳大灣區建設的範圍和方向，《辦法》明確，支持粵港澳大灣區建設的範圍包括廣州、深圳、珠海、佛山、惠州、東莞、中山、江門、肇慶等9個城市，優先支持河套深港科技創新合作區和橫琴粵澳深度合作區。主要支持方向包括:港澳元素突出的科技創新平臺、政府投資的非營利性港澳青年創新創業平臺、內地與港澳聯合舉辦的高等院校、連接內地與港澳的基礎設施互聯互通項目及其主要配套項目、對粵港澳大灣區建設具有標誌性或重大意義的其他領域項目。
關於推進長三角壹體化發展的支持範圍和方向，《辦法》明確，長三角壹體化發展支持範圍包括上海、江蘇、浙江(含寧波)、安徽，主要支持方向包括:推動形成區域協調發展新格局，創新壹體化發展體制機制，推動更高水平的協調開放基礎設施互聯互通、生態環境保護共治、公共服務合作。重點支持安徽省與省際合作園區和省際毗鄰地區建設。
《辦法》明確，該專項資金將以直接安排到項目的方式予以支持。粵港澳大灣區建設通過直接投資安排支持地方政府投資項目。長三角壹體化發展支持符合條件的政府投資項目，按照有關規定采取直接投資或資本金註入方式；支持符合條件的企業投資項目，按照有關規定采取投資補助或貸款貼息方式。
《辦法》規定，相關項目參照現行中央預算內投資專項支持標準，確定同類領域項目支持比例。沒有特別的項目可以參考。單個項目原則上按照東、中、西部地區(含比照執行中西部政策的地區)分別給予支持，分別不超過固定資產投資(不含項目征地拆遷費用)的30%、45%和60%。地方申請的資金需求低於按照上述標準計算的支持額度的，按照地方申請額度確定。
《辦法》要求，在粵港澳大灣區建設領導小組辦公室和推進長三角壹體化發展領導小組辦公室的統籌下， 對粵港澳大灣區建設和長三角壹體化發展中長期規劃方案和年度工作安排明確的項目，要及時納入全國投資項目網上審批監管平臺(國家重大建設項目庫)和三年滾動計劃，並組織相關單位按照年度中央預算內投資計劃申報要求申報專項資金。