自然科學基金委監督委員會成立於1998年12月10日，是在自然科學基金委黨組領導下獨立開展科學基金監督工作的機構，向自然科學基金委全體委員會議報告工作。
監督委員會的工作旨在維護“依靠專家、發揚民主、擇優支持、公正合理”的評審原則，維護科學基金制的公正性、科學性和科技工作者的權益，弘揚科學道德，營造有利於科技創新和科學基金事業健康發展的環境和氛圍。
監督委員會由自然科學基金委聘請有關科學家和管理專家組成。設主任委員，副主任委員若幹人，委員若幹人。監督委員會實行任期制。 ● 制定和完善自然科學基金監督規章制度；
● 受理有關自然科學基金項目的投訴和舉報，會同或委托有關部門調查核實，按有關規定處理；
● 對自然科學基金項目申請、評審、管理以及實施等進行監督檢查，提出意見和建議；
● 對自然科學基金管理規章制度的制定與修改提出意見和建議；
● 開展旨在加強科學道德建設的宣傳、教育及其他相關活動。
監督委員會自成立以來，緊緊圍繞科學基金中心工作，認真做好完善監督機制的基礎工作，逐步建立健全監督規章制度；認真受理科技界有關科學基金工作的投訴和舉報；深入調研，認真聽取科技工作者的意見和建議；廣泛宣傳，弘揚科學道德，倡導實事求是的作風和科學態度，得到科技界的理解、支持和參與。
自然科學基金委監督委員會重視與國內外科研管理機構的監督機構開展廣泛深入的工作交流，以學習借鑒各有關機構加強科學道德和學風建設、實行有效監督等方面的經驗，拓展視野，集思廣益，不斷提高科學基金監督工作水平。
經過多年的努力，科學基金監督工作取得了壹定進展和初步成效，將對進壹步完善和發展科學基金制、加強中國科技界的科學道德和學風建設、支持科技源頭創新發揮積極的促進作用。