（壹）國防科工委主要負責：組織制定預研基金方面的方針、政策及管理規定；對跨行業基金實施管理，對行業基金進行宏觀指導和督促檢查。
（二）主管部門（機械電子、航空航天部，船舶、核、兵器、電子工業總公司，工程物理研究院，下同）主要負責：制定行業基金方面的具體方針、政策和管理措施；對行業基金進行管理。
（三）任務承擔單位（包括國防科技重點實驗室）負責組織本單位預研基金項目的申請，項目的組織實施和管理，確保所需的配套條件。第六條 國防科工委和主管部門以國防科技預研重點項目專業組專家為主體，再聘請學術造詣深、知識面廣、公道正派、熱心於預研基金工作的專家，組成較穩定的專家評審系統。其主要任務是：參與編寫預研基金項目指南，評審預研基金項目申請書，參加重要預研基金成果鑒定，受托開展相關的學術和政策咨詢工作等。第七條 預研基金項目實行從立項到成果鑒定驗收的全過程管理，提高預研基金的使用效益。管理程序分為四個階段：
（壹）基金項目指南編制與發布；
（二）基金項目申請與評審；
（三）基金項目組織實施；
（四）基金項目成果鑒定驗收。第二章 基金項目指南編制與發布第八條 預研基金項目指南主要是確定預研基金項目的選題範圍，原則上每三～五年編制壹次。預研基金項目指南的內容，應在編制國防科研中長期《重點項目計劃指南》時統籌安排，年度可視實際情況對其進行必要的補充和調整。
對已列入預研計劃（包括行業壹般）的項目，不再列入預研基金項目指南。第九條 預研基金項目指出的編制與發布實行“統壹部署、分別編制、統壹協調、分別定向發布”，其程序是：
（壹）根據統壹部署和要求，編制預研基金項目指南（草案）。其中跨行業基金項目指南由國防科工委組織編寫，行業基金項目指南由主管部門組織編寫。
（二）國防科工委對跨行業基金項目指南（草案）和行業基金項目指南（草案）進行統壹協調。
（三）根據協調結果，整理、完善預研基金項目指南。其中跨行業基金項目指南由國防科工委審定並定向發布，行業基金項目指南由主管部門審定並定向發布。第三章 基金項目申請與評審第十條 預研基金項目的申請堅持“指南引導，自由申請，平等競爭，擇優資助”的原則。項目評審以專家為主，充分發揮專家的技術評審和咨詢作用。第十壹條 在預研基金項目指南指導下，符合以下條件的研究項目，可提出申請：
（壹）對國防科學技術和未來武器裝備的發展，在潛在影響和促進作用的跟蹤性、探索性的新概念、新思想、新原理的研究項目；預先研究急需而又尚未解決的、短期內可望取得成果的理論研究項目；
（二）研究目標明確，技術路線可行，研究方法先進，與國內其它單位不重復或有獨到之處；
（三）申請者和合作者具備完成項目的研究能力，有壹定技術基礎，研究工作時間和條件有可靠的保證。第十二條 在同等條件上，優先考慮下列人員的申請：
（壹）曾接受基金資助並取得重大成果者；
（二）具有開拓性、創新性的中青年優秀科技人員及學成歸國的優秀科技工作者；
（三）高等院校從事基礎性研究的優秀科技人員。第十三條 預研基金項目每年受理壹次。申請單位組織申請者按附件的要求，認真填寫“國防科技預研基金項目申請書”（以下簡稱申請書），經所在單位科學技術委員會或相應的學術機構審查，單位領導簽署審核意見，加蓋公章後，由單位統壹申報。其中跨行業基金項目向國防科工委申報，行業基金項目向主管部門申報。
為避免重復資助，必要時國防科工委對跨行業基金申請項目和行業基金申請項目進行協調。