保護區分為湖區、近湖區和遠湖區。第三條三湖自然保護區是以保護森林生態和水資源為主要目的的綜合性自然保護區。
保護區的管理應當遵循全面規劃、加強保護、積極管理、合理開發的原則。第四條省人民政府設立松花江三湖保護區委員會(以下簡稱保護區委員會)，負責協調和決定三湖保護的重大問題。
吉林松花江三湖保護區管理局(以下簡稱保護局)是保護區委員會的辦事機構，隸屬於省林業行政主管部門。
保護局可在與保護區有關的縣、市或重點地區設立保護站。第五條各級人民政府應當認真宣傳和貫徹有關自然資源和環境保護的法律、法規，采取有效措施，制止破壞自然資源的行為，保障保護區的自然資源安全，防止水土流失和環境汙染，改善生態環境，提高保護區的生態、社會和經濟效益。
各級人民政府應當制定涉及保護區自然資源和環境的社會經濟發展規劃，必須符合保護區總體規劃。
各級人民政府的林業、水利、環保、交通、地礦、城建、土地、工商、旅遊等部門，應當按照各自的職責分工，做好保護區的管理工作，接受保護局的指導和監督，配合保護局依照本條例行使保護管理職責。第六條保護區內的居民和在保護區內從事生產、建設、旅遊、科學考察等各項活動的單位和個人，應當依照本條例和有關法律、法規的規定，履行保護自然資源、保護環境的義務；有權制止或舉報破壞自然資源和環境的行為。第七條建立保護區保護管理資金制度。具體辦法由省人民政府制定。第二章管理機構和職責第八條保護區的自然資源和環境保護管理實行統壹協調、分級監督、部門管理的體制。第九條保護局的職責是:
(壹)宣傳和貫徹有關保護自然資源和環境的法律、法規、方針和政策；
(二)監督檢查保護自然資源和環境的法律、法規和方針政策的執行情況，制止違法行為；
(三)協調和指導保護區的自然資源保護管理和環境保護與治理；
(四)教育保護區內的居民和進入保護區的人員遵守保護自然資源和環境的法律法規，並對其活動進行檢查和指導；
(五)擬定保護區總體規劃，經保護區委員會批準後組織實施；
(六)參與對自然資源和環境有影響的開發利用項目的審查；
(七)組織調查和科學實驗，探索合理利用自然資源的途徑；
(八)督促有關部門查處破壞自然資源和環境的案件；
(九)保護和治理資金的籌集和管理；
(10)領導保護站。第十條保護站根據保護局的授權，具體負責協調、指導和監督本地區自然資源和環境的保護管理工作。
保護站可向轄區內所有鄉鎮派駐專職保護管理人員。第十壹條保護局應當配備專職保護管理人員，也可以從有關部門聘請兼職保護管理人員。保護管理人員依照本條例的規定，對松花江三湖保護區內的單位和個人行使監督檢查權。
《松花江三湖保護區監督檢查證》由省人民政府頒發。第三章湖區保護和管理第十二條本條例所稱湖區，是指松花江三湖設計的正常蓄水線和連接三湖的松花江段最高跡線以內的區域。
湖區應當設立界樁。第十三條在湖區嚴禁從事下列活動:
(壹)掩埋、傾倒放射性物品、有害礦物原料和廢棄物；
(二)排放油、酸、堿及其他有毒有害的廢液、廢氣和汙物；
(三)清洗船舶的艙室、車廂、設備、容器和其他含有有毒有害汙染物的有毒有害物品；
(四)傾倒和堆放砂石、粉煤灰、礦渣和垃圾；
(五)圍湖造田；
(六)挖砂、取土、采石；
(七)其他汙染或侵占湖區的行為。第十四條在三湖水域航行的機動船舶必須配備油汙儲存裝置，由航運主管部門負責回收船舶殘油和廢油。殘油、廢油的回收不得直接或間接對三湖水體造成汙染。