學院科研實力雄厚，實驗條件完善，主持了國家重大新藥創制計劃項目、國家“973”項目、“863”項目、國家“十壹五”支持計劃、重點國際合作項目、國家自然科學基金重點項目、國家自然科學基金面上項目、青年項目等各級科研項目數十項。擁有20000平方米的教研室，配備了先進的教學和科研儀器設備。蘇州大學藥理學學科是壹門歷史悠久的學科。原南通醫學院創建於20世紀50年代初，至今已有60年歷史，是我國醫學院校中最早成立的藥理學教研室之壹。1984被國務院學位委員會批準為碩士學位授予點；2002年被批準為蘇州大學重點學科；2003年被國務院學位委員會批準為博士學位授權學科。2008年，蘇州大學醫學院藥理學系在原藥理學系的基礎上成立。
藥理學主要研究方向為神經病學與精神藥理學、腫瘤藥理學與分子腫瘤藥理學、心腦血管藥理學、肺纖維化的分子診斷與藥物防治、藥物蛋白質組學。承擔了多項國家重大、重點項目，包括國家傑出青年基金項目(1)、國家自然科學基金重點項目(2)、國家973項目(1)、863項目(2)、國家基金委培育重大項目(1)、國家自然科學基金面上項目(12)。江蘇省優勢學科建設項目(1項目)、江蘇省雙創計劃人才項目(2項目)、江蘇省自然科學基金項目(5項目)及其多項省部級科研任務。我們申請了12項國家發明專利，其中6項獲國家知識產權局授權。有4個正在進行的創新藥物研究項目。2005年至2010年，第壹完成單位在國際學術期刊上發表SCI論文150多篇。衰老與神經病變實驗室(2007年)和心血管實驗室(2009年)先後被評為蘇州市重點實驗室。藥理實驗室總面積5000平方米，儀器設備總值近2000萬元(2010年)。配有離子通道實驗室、激光掃描聚焦室、分子生物學室、行為藥理學實驗室、血流動力學室、高效液相色譜分析室、藥物篩選實驗室、藥物提取分離實驗室、SPF動物室、小動物活體成像室、流式細胞儀。序號名稱學科領域識別年份1秦藥理學2003 2楊士林天然藥物化學2007 3喬春華藥物合成2008 4鎮校早期藥理學2009 5李凱藥理學2009 6藥理學2009 7藥學2009 8毛新亮藥理學2009 9 9侯廷軍藥物合成2009 111藥物合成2012 13徐國強化學生物學2012 14劉峰藥物化學2012(以上信息摘自官網，學院)。