從賬戶管理入手，檢查資金收支余的合理性。首先，核對扶貧專賬中的資金收支。對於專戶、專賬管理的扶貧資金，取得相關部門扶貧資金專戶賬、臺賬、記賬憑證和銀行對賬單，了解資金運行情況，揭示要求專戶核算的資金未封閉運行、大量扶貧資金未在專戶中核算的問題。其次，核對扶貧資金撥付情況。取得財政部門當年收到的所有扶貧資金指標文件，對照項目實施方案、報賬資料、撥付臺賬，關註是否及時足額撥付扶貧資金，預撥資金是否及時報賬，未撥付資金中是否存在滯留、截留、挪用扶貧資金的問題，必要時實地延伸項目，審查因資金撥付不及時等對項目實施進度和效果的影響。再其次，核對扶貧資金結余。關註資金下達時間晚而結轉數額小的情況，揭示虛列支出、以撥作支、轉移資金、平衡預算，或扶貧資金從國庫轉入財政專戶、資金大量在專戶結存的問題。
從支出票據及資料入手，檢查資金使用的正確性。將主管部門或者項目實施單位賬面專項資金實際支出與計劃支出數額、用途進行比對，發現專項資金被挪用於其他項目的問題；揭示項目單位將扶貧資金違規用於建設樓堂館所、職工住宅，發放獎金、津貼和福利補助，購置交通工具和通訊設備，彌補預算支出缺口和償還債務，以及對外投資等方面問題；審查有無將扶貧資金用於公務接待，大吃大喝，安排參觀旅遊景點和高消費娛樂，贈送禮品、禮金和土特產品等揮霍浪費問題；有無使用虛假合同或人員名單虛報冒領、套取侵占、貪汙私分扶貧資金等重大違法違規問題。對以現金形式發放扶貧資金的，關註領用名冊上農戶簽字的真實性，防止虛假名冊套取資金；對打卡方式發放補助資金的，關註銀行卡是否是農戶自己在保管，入戶調查農戶是否真正收到資金，是否存在先發放後收回問題。
從審查工程量入手，檢查資金支付的真實性。抽查項目部分工程量，核對項目施工單位編報的工程決算的真實性、準確性、合規性，有無偷工減料、高估冒算、虛報冒領等問題；項目建設單位有無故意多付工程款，然後再由施工單位返還，套取國家資金、私設“小金庫”等問題。
從時間節點入手，檢查項目實施、資金支付的時效性。對比分析上級資金下達時間與本級預算指標下達時間、項目實施方案報送時間與審批時間、調整方案上報時間與審批完成時間、項目完成申請驗收時間與實際驗收時間、資金撥付申請與實際撥付時間等，是否在規定時間內完成，揭示審批制度制訂不合理或無故長時間拖延，進而影響項目進度及資金時效問題。
從資金效益發揮入手，檢查資金使用的績效性。重點關註產業發展補助資金發放、產業扶持基金出借情況等，揭示資金簡單發放，未組織貧困戶實施產業發展；產業扶持基金出借給專業合作社未與貧困戶簽訂分紅協議且專業合作社會計核算不規範，貧困戶利益無法保障，資金使用缺乏監督，未體現政策目的；產業扶持基金對貧困戶出借率低，難以發揮效益等問題。