1，覆蓋對象不同:
(1)新農合只有農民才能參加，必須全家為單位參加。國家實行這壹政策，目的是解決農民“因病致貧、因病返貧”，減輕農民經濟壓力，保障農民基本衛生服務；
(2)城鎮職工基本醫療保險是由用人單位和個人共同出資建立的醫療保險基金，是國家為補償勞動者因疾病風險造成的經濟損失而建立的社會保險制度。而且規定鄉鎮企業、職工、城鎮個體經濟組織業主及其從業人員也要納入基本醫療保險範圍。
2.不同的支付方式:
(1)新農合是農民自願參加，不能以個人繳費、集體供養、政府資助相結合的方式提高農民個人每年的繳費標準。目前農村合作醫療不到10元。當然，標準是根據地區經濟條件來劃分的。條件好的地區，繳費標準可能會高壹些。醫保繳費標準為每年100元、200元、300元、400元、500元，各地根據自身情況設定繳費水平。當然是多付了。
(2)城鎮職工基本醫療保險費由用人單位和職工雙方繳納。用人單位的繳費率應控制在職工工資總額的6%左右，職工的繳費率壹般為本人工資收入的2%。小金想說的是，用人單位的繳費率和職工的繳費率都不會保持不變，而是可以隨著經濟的發展進行相應的調整。
3.不同待遇:
(1)新農合費用補助在不同級別的醫療機構是不壹樣的。補助標準為縣內壹級醫院100元，二級醫院200元，縣外醫院500元。補貼比例也不壹樣，縣內壹級醫院60%，二級醫院50%，縣外醫院40%。
(2)城鎮職工基本醫療保險是指參保人除了個人賬戶費用外，還可以享受住院、大病補助、特殊疾病醫療費用的壹次性待遇，聽起來優惠很多。與農村合作醫療不同，城鎮職工醫療保險是統賬結合。
法律依據:《國務院辦公廳轉發衛生部等部門關於建立新型農村合作醫療制度意見的通知》第壹條。
目標和原則
新型農村合作醫療是由政府組織、引導和支持，農民自願參加，個人、集體和政府多方籌資，以大病統籌為基礎的農民醫療救助制度。從2003年開始，各省、自治區、直轄市至少選擇兩到三個縣先行試點，取得經驗後逐步推開。到2010年，實現建立覆蓋全國農村居民的新型農村合作醫療制度的目標，減輕農民因病造成的經濟負擔，提高農民健康水平。
建立新型農村合作醫療制度應遵循以下原則:
(壹)自願參與，多方籌資。農民以家庭為單位自願參加新型農村合作醫療，遵守相關規章制度，按時足額繳納合作醫療資金；鄉、村集體要給予資金支持；中央和地方各級政府每年要安排壹定的專項資金予以支持。
(2)以收入支持，確保適度。新型農村合作醫療制度應堅持收支平衡的原則，既保證這壹制度持續有效運行，又能使農民享受到最基本的醫療服務。
(三)試點，逐步推廣。建立新型農村合作醫療制度必須從實際出發，通過試點總結經驗，不斷完善，穩步發展。隨著農村社會經濟的發展和農民收入的增加，新型農村合作醫療制度的社會化和抗風險能力應逐步提高。