展館門前壹位看車人表示，2010年3月20日展覽館就停業了，4月中旬解散了所有人員，後來展品也開始變賣。但主管方霍英東基金會表示：南沙科學展覽館停業整頓，是集團內部重新規劃的壹個措施。
房產稅
南沙科學展覽館是蒲州高新園的子單位。由於蒲州高新園屬企業性質，所以科學館也需按企業的規矩上繳房產稅，而且屬於民營科技館，國家在這個領域沒有相關法律法規，也不可能為此破例出臺壹項專門的政策，所以稅務部門只能照章辦事。每年交費40-50萬。
人員
大學城裏興建的大型科學展覽館，使得南沙科學展覽館的必要性和公益性變弱。科學中心水平高，政府每年都會給予大量的投入。
知情者透露，有時連續兩三天南沙科學展覽館裏竟會沒有壹個遊客，這種現象，在廣東科學中心開館後，更成了常態。2006年曾有媒體報道，南沙科學館自建館以來，壹年進館人數只有5萬多人次，因此，展館每月近200萬元的營運費壹直由霍氏家族輸送維持。
距市中心較遠、交通不便等，也是南沙科學展覽館不景氣的壹大硬傷。只有旅遊團、中小學生組織參觀時才會熱鬧壹些。南沙的戶籍人口只有十幾萬，而且居住點分散，即使區內居民到館參觀，往往也需要乘坐很久的公交車。
收入
民營科技館，無法給予員工應有的待遇，工資、福利更是無法與公立科技館相比。科技館的門票收入很少，大多數靠基金會補貼，養著這麽壹大幫人，基金會負擔也很重。
南沙科學展覽館是全國僅有的3家可以獨立開發科普產品的科技館，全館***有二十幾名科普產品研發工作人員，4月份的“停業整頓”把他們也都“整”了出去。
南沙科學展覽館的300多件展品中，有壹部分已經轉贈給附近的英東中學，水族館諸多名貴魚也交給了廣州水族館壹家附屬企業。