醫保辦和醫保中心的區別如下:
1，機構分類有以下區別:
(1)醫保部門事業單位分為機關事業單位、獨立運營、中間類型；
(2)醫保中心分為生育保險部、業務管理部、稽核部、大保辦、醫療服務部、慢性病管理部、醫療管理部、基金征繳部、信息管理部、計劃財務部、綜合部；
2、不同機構的性質:
(1)壹般來說，醫保部門是壹項社會公益事業，而不是壹項商業經濟活動。所以，作為具體承辦這項業務的醫療保險機構，它是壹個非營利性組織，在我國也叫事業單位，不同於壹般的營利性商業保險公司。
(2)醫保中心單位性質為國家行政機關，隸屬於地方人力資源和社會保障局。
3.它們各自的功能是不同的。由於醫療保險活動專業性很強，醫療保險機構需要參與政府相關政策、法規和規劃的制定。醫療保險機構根據第壹手資料，積極為政府制定醫療保險政策、法規和規劃提供合理的依據和建議，這也是保證醫療保險業務有效開展的前提。醫療保險中心的職能如下:
(1)協調單位行政事務，保證工作有序運行；
(2)負責相關文件、總結、報告、領導講話等綜合性文稿的起草；
(3)負責公文的歸檔、保管和閱讀；
(4)負責溝通的簽署、策劃、傳達、督促和監督實施；
(5)負責信息的收集、整理、提交和反饋；
(六)負責全國人大和CPPCC建議的辦理和省政府督辦事項的落實；
(7)負責會議組織、日常接待及相關活動的聯絡與協調。
法律依據
中華人民共和國社會保險法
第二條國家建立基本養老保險、基本醫療保險、工傷保險、失業保險和生育保險等社會保險制度，保障公民在年老、患病、工傷、失業和生育時依法從國家和社會獲得物質幫助的權利。第二十六條職工基本醫療保險、新型農村合作醫療和城鎮居民基本醫療保險按照國家規定執行。第二十八條符合基本醫療保險藥品目錄、診療項目、醫療服務設施標準和急診、搶救的醫療費用，按照國家規定由基本醫療保險基金支付。