全國社會保障基金理事會現設八個部門，分別是辦公廳(外事部)、基金財務部、投資部、股權資產部、法規及監管部、信息研究部、機關黨委(人事部)、機關服務中心。
辦公廳(外事部)負責協調、處理機關日常事務，擬定機關規章制度；承擔文秘、檔案、機要、安全保密和人民來信來訪工作；負責機關財務工作；負責機關外事工作；起草綜合性文稿，負責對外信息發布和新聞宣傳工作。
基金財務部負責落實基金資金的收入；按照投資方案安排、調度與劃撥資金；負責基金會計核算，編制定期財務會計報告；監督、管理基金委托資產托管業務；安全保管基金資產。
投資部負責提出基金資金投資運營策略建議，擬訂投資計劃和長期資產配置計劃；開展直接投資業務；承辦委托投資的有關工作，對委托資產運作情況進行監督和管理。
股權資產部負責管理和運營基金股權資產，提出股權資產管理運營策略建議；辦理國有股權劃撥的有關事宜；根據全國社會保障基金理事會授權，對股權資產行使股東權益；組織實施股權資產的處置工作；負責股權資產委托運作的有關工作。
法規及監管部負責對基金資產運作情況進行監督；擬訂風險管理辦法並實施風險監控；負責基金整體績效評估；承辦有關的法律事務；開展基金資產的內部稽核，對基金管理業務工作中的違紀違規行為進行調查。
信息研究部負責擬訂全國社會保障基金理事會計算機信息系統發展規劃，負責系統的日常管理與維護，組織計算機軟件開發；開展與基金發展相關的宏觀性、綜合性研究工作；研究社會保障機制的相關問題；草擬基金中長期發展規劃。
機關黨委(人事部)負責機關黨群工作；負責機關紀檢工作；負責機關人事、勞動工資、機構編制管理和培訓工作。
機關服務中心負責為機關辦公提供後勤保障;負責為機關職工生活福利提供服務;承辦機關委托的其它事項。