主要區別如下：
1、板塊不同
滬市只有主板與B股；深市有深證成指、中小板指數、創業板指數、深證100指數和深證300指數。
2、股票代碼不同
（1）滬市首位代碼代表的產品定義分別為：0國債/指數、1債券、2回購、3期貨、4備用、5基金/權證、6A股、7非交易業務（發行、權益分配）、8備用、9B股。
（2）深市主板是000開頭，中小板是002開頭、創業板是300開頭、B股是200開頭。順序編碼區：6位代碼中的第3位到第6位，取值範圍為0001-9999。證券種類標識區：6位代碼中的最左兩位，其中第1位標識證券大類，第2位標識該大類下的衍生證券。
3、B股標價不同：滬市是以美元競價；深市是以港幣競價。
4、交易制度不同：具體在於滬市的交易規則是連續競價；深市的交易規則是集合競價。
擴展資料
1、深市主要指數：
（1）深證成指：深證成指為深圳全市場標尺性指數，其入選樣本均為大盤藍籌股，未來會進壹步研究完善，打造深成指對主板、中小板和創業板合理覆蓋，並適應未來發展需要的市場基準指數。
（2）中小板指數：中小板指數為中小板市場的標尺性指數，自發布以來運行表現突出，充分展示了中小板的高成長性，已成為多層次資本市場的代表性指數之壹。中小板市場整體定位為“服務中小企業”。
（3）創業板指數創業板指數為創業板市場的標尺性指數，新興產業所占比重高達60%，高新技術企業超過90%，充分體現創業板市場特色。創業板市場組合投資需求旺盛，要盡快推出創業板系列指數，與中小板300和深證300形成系列。
2、滬市證券代碼如下：
（1）上證所證券代碼采用六位阿拉伯數字編碼，取值範圍為：六位代碼的前三位為證券種類標識區，其中第壹位為證券產品標識，第二位至第三位為證券業務標識，六位代碼的後三位為順序編碼區。
（2）首位代碼代表的產品定義分別為：0國債/指數、1債券、2回購、3期貨、4備用、5基金/權證、6A股、7非交易業務（發行、權益分配）、8備用、9B股。
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