大多數人都不知道，這筆年費會轉給另壹個法人實體，叫做管理公司。管理公司負責支付各種費用(如工資、房租、差旅費等。)，聘用和辭退員工，也有決定權。
除去費用，剩下的就是管理公司的利潤。然後這些利潤會分給有決策權的人，通常是合夥人。合夥人數量很少，可能就是創立基金的那壹兩個。此外，壹般還有壹個人對管理公司擁有投票控制權，是真正的首席合夥人。他通常也是這個基金的代表。
管理公司的財務狀況壹直是高度保密的，只有少部分合夥人能夠窺見壹斑。
此外，管理公司的存在也有其復雜性。其中壹條是，未經首席合夥人同意，不能解雇他，但其他合夥人可以(包括業績好的)。所以普通合夥人和基金都是自由雇傭關系。也就是說，合夥人隨時可能離職。
與普通公司相比，VC有著獨特的盈利模式和組織結構。另外，現在VC融資也不容易，所以創業者更容易受到這種結構的影響。
首先，當壹家公司無法籌集更多資金時，它就無法啟動新的投資。所以創業者壹定要了解VC的資金情況。比如，弄清楚他們的VC花了多少錢，為當前投資預留了多少備用金。
其次，缺乏新的資金會使創業公司的成長變得復雜。比如VC空降的壹個董事會成員突然離職。這不是空穴來風。比如老基金到期，公司未能募集到新基金，收取的年費會相應減少。這個時候首席合夥人就會想削減開支，最有效的手段就是裁掉合夥人。另壹種情況是，由於首席合夥人擁有絕對權威，其他合夥人認為調整管理公司無望，會選擇離職創業。所以來自VC的支持者突然離職也不是不可能。創業者要做好準備，比如在競爭中脫穎而出，或者和其他合夥人，尤其是首席合夥人保持良好關系，某種程度上可以減少這些影響。
今天的VC有自己的風格。牽頭合夥人也可以授權，這樣每個合夥人在投資中都有發言權。但是企業家仍然需要知道誰是主要合夥人，其他人有多少權力。要了解這些情況，最好的方法是咨詢壹下其他和這家風投合作過的創業者。但是，應該有80%的風險投資公司有集體決策程序。
必須指出的是，這種所有權結構在其他類型的基金中也很流行，比如杠桿收購基金和對沖基金。這個結構也是VC創始人的法律顧問建議的，所以他們還沒有創建新的結構。
然而，有些人總是在尋求改變。比如VC Kepha已經開始嘗試簡化系統。Jo創立Kepha的時候，並沒有給管理公司增加任何價值。另壹個合夥人Eric加入的時候，免費給了他壹半股份。現在他們是平等的合夥人和所有者，享有管理公司同樣的附帶權益、利潤分配和決策權。
這種設計有兩個原因。首先，Kepha的原則之壹是把創業者當成客戶。所以它必須組建最好的團隊來服務客戶，當然也要給優秀的團隊豐厚的獎勵。第二，早期投資需要團隊合作。因為可以分享投資成果，所以每壹個成員都會渴望每壹個被投資公司的成功，所以這些公司會得到整個團隊的幫助。
我們不能說Kepha已經形成了完善的體系，這需要時間來檢驗。