註：以下為部分代表性論文。除署名外，吳慶洲為唯壹作者。
壹、建築歷史研究
1. 淺談真武閣的建築藝術. 南方建築，1986，3
2. 德慶悅城龍母祖廟. 古建園林技術，1987，1：31～35，1987，2：58～62，1987，3：61~64
3. 廣濟橋歷代的建設. 嶺南文史，11－12：82～87
4. 聖索菲亞大教堂. 世界建築，1989，6：117～120
5. 肇慶梅庵. 建築史論文集（八）：21～33. 清華大學出版社，1990
6. 粵西古建築瑰寶——德慶學宮大成殿. 古建園林技術，1992，1（總34）：42～51，1992，2（總 35）：49～55
7. 聖保羅大教堂. 世界建築. 1994，1：69～72
8. 我國佛教塔剎型制研究. 古建園林技術，1994，4（總45）：21～28，1995，1（總46）13～17
9. 南漢遺跡藥洲園建築設計. 華中建築，1995，2：57～60，1995，3：70～73
10. 建築文化的承傳、融合與演變. 中外建築，1996，1：4～7
11. 中國古建築脊飾的文化淵源初探. 華中建築，1997，2：28～36，1997，3：16～21，1997，4：6～ 12
12. 春秋至六朝麒麟演變研究. 古建園林技術，1997，3（總56）：58～61
13. 環境生態與傳統民居. 第八屆中國民居學術研討會論文. 香港，1997
14. 客家民居意象研究. 建築學報，1998，4：57
15. 德慶三元塔修復研究. 古建園林技術，1999，1（總62）：36～41
16. 中國建築如何才能走向世界. 長江建設，1999，2：12～13
17. 佛塔的源流及中國塔剎形制研究. 華中建築，1999，4
18. 曼荼羅與佛教建築. 古建園林技術，2000，1（總66）：32～34；2000，2（總67）：30～33
19. 龍文化與中國傳統建築. 華中建築，2000，4：23～27
20. 防洪防匪的大宅——光儀大屋. 小城鎮建設，2001，6：72～73
21. 中國最大的哥特式石構教堂——石室. 建築學報，2001，8：62～64
22. 瑰瑋獨絕，另樹壹幟——佛山祖廟建築研究. 佛山市博物館編. 佛山祖廟. 文物出版社，2005
23. 宮闕、城闕及五鳳樓的產生和發展演變. 古建園林技術，2006，4（總93）：43～50，2007，1（總 94）：50-53
24. 臺灣道教建築脊飾藝術. 世界建築導報，2006，7：12～17
25. 楊大禹、吳慶洲.南傳上座部佛教建築及其文化精神.建築師，2007，5（總129）：83-90
26. 佛教文化與中國名勝園林景觀.中國園林，2007，10：73-77
27. 仿生象物——傳統中國營造意匠探微.城市與設計學報，2007，9，28：155-203
28. The Small Dujiang Weir , the Water Conservancy Project of Baojiatun in Anshun of Guizhou Province 2012年東亞建築國際學術會論文，2012,12.10.香港
29. The Heritage Conservation Practical Case : Baojiatun Watermill.吳慶洲.徐好好.聯合國教科文組織 2012年最佳遺產保護實踐會議論文.2012,9.27～29.克羅地亞
30. 吳慶洲、徐好好.貴州鮑家屯水碾房保護和修復研究回顧.南方建築.2013，1：92~95
二、城市規劃和城市史研究
1.古臺州城規劃建設初探. 城市規劃，1986，2：54～57
2.中國古城選址的實踐和科學思想. 新建築，1987，3：66～69
3.北方雅典愛丁堡. 城市規劃，1989，4：57～60
4.古惠州城與西湖. 嶺南文史，14：103～107
5.吳慶洲，葉榮貴. Modernized City, Cultural Tradition，Local Features. 轉變中的亞洲城市和建築國際學術 會議論文，1989，11. 北京
6.中國古代的城市水系. 華中建築，1991，2：55～61
7.歷史文化名城牛津. 國外城市規劃，1991，4：40～43
8.中國城市建設史的活教材—歷史文化名城贛州. 古建園林技術，1995，2（總47）：53～60
9.中國古代哲學與古城規劃. 建築學報，1995，8：45～47
10.象天法地意匠與中國古都規劃. 華中建築，1996，2：31～40
11.保護城市生態環境的歷史經驗與借鑒. 中外建築，1996，4：32～34
12.中國古城規劃與宇宙模式. 紀念劉敦楨誕辰100周年學術研討會論文. 南京，1997
13.中國古城選址的歷史經驗與借鑒. 城市規劃，2000，9～10，9:31~36,10:34~41
14.鄭力鵬、吳慶洲. 佛山福賢路歷史街區保護與更新研究. 城市規劃，2001，10：37～40
15.Study on Citywall and Moat Military Defence System of Nanjing City in Ming Dynasty. 東亞建築文化國際 研討會論文. 南京，2004，11
16.鬥城與水城——古溫州城選址規劃探微. 城市規劃，2005，2：66～69
17.明南京城池的軍事防禦體系研究. 建築師，2005，4（總114）：86～91
18.周霞，馮江，吳慶洲. 經濟發達地區城市歷史文化資源的保護與利用——以佛山歷史文化名城保護規劃為 例. 城市規劃2005，8：93～96
19.The Urban Canal System in Ancient China. 東亞建築文化國際研討會論文. 日本，京都，2006，10、華 南理工大學學報（自然科學版），2007，10：61～69
20.迎接中國城市營建史研究之春天.中國城市營建史研究書系總序. 建築師，2011,1：91～95
21.Study on Urban Construction History and Culture of the Tortoise City of Ganzhou .China City Planning Review .Vol .20.No.4,2011.
22.龜城贛州營建的歷史與文化研究.建築師，2012，1（總155）：64～73
23.麗江歷史文化述論.中國名城，2014,11:47～52
24.亞德裏亞海的明珠—杜布羅夫尼克.西部人居環境學刊，2014,29（04）：52～57
三、建築和城市防災研究
1.兩廣建築避水災之調查研究. 華南工學院學報，1984，2：127～140
2.試論我國古城抗洪防澇的經驗和成就. 城市規劃，1984，3：28～34
3.中國古代城市防洪初探. 城市規劃匯刊，1985，3：12～18
4.我國城市防洪綜合體系及減災對策. 城市規劃匯刊，1985，3：47～52
5.試論我國古城抗洪防澇的經驗. 清華大學. 建築史論文集，1987，8：1～20，清華大學出版社
6.歷史上梧州城的水災及防洪措施. 珠江誌通訊，1988，1：32～34
7.倫敦城特大火災及其重建. 新建築，1988，4：56
8.唐宋明清京都排水排洪系統的研究. 城市規劃，1988，6：35～37
9.兼有防敵和防洪作用的臺州古城. 古建園林技術，1989，2（總23）：55～59
10.The Protection of China’s Ancient Cities from Flood Damage. DISATERS. 1989，volume13，NO.3
11.惠州西湖與城市水利. 人民珠江，1989，4：7～9
12.Housing Measures against Flood Impact Along Pearl River. 國際住宅學術討論會論文，1989.4，英國， 謝菲爾德
13.唐長安在城市防洪上的失誤. 自然科學史研究，1990，3：290～296
14.廣州古代的城市水利. 人民珠江，1990，3：36～37
15.中國古城的選址與防禦洪災. 自然科學史研究，1991，2：195～200
16.我國防禦洪澇災害的綜合體系及減災對策. 災害學，1992，4：23～27
17.現代城市防洪的方略與措施. 長江建設，1995，1：15～18
18.現代城市水害的劇化及防禦對策. 城市規劃，1995，3：41～43
19.汕頭市防禦洪潮災害的方略與措施及減災對策研究. 國家自然科學基金八五重大項目. 城市與工程減災基礎 研究論文集. 中國科學技術出版社，1997
20.我國21世紀城市水災風險及減災對策. 災害學，1998，2：89～94
21.The Urban Flood Hazard And Flood Control strategies in China in The 21st Century. 1999年國際建築 師協會第20屆大會論文. 中國可持續發展，2001，4：23～29
22.中國城市災害及城市安全戰略. 規劃師，2002，1：12～13
23.對20世紀中國洪災的回顧. 災害學，2002，2：62～69
24.中國古城防洪的歷史經驗與借鑒. 城市規劃，2004，4～5
25.Urban Flood: Experience & Hazard and Strategies for Sustainable Development. 城市洪水經驗與可持續 發展國際研討會論文. 越南，胡誌明市，2006，3，10
26.歷史上四川地震堰塞湖水災特點及減災對策. 新建築，2008，4：112-114
27.荊州古城防洪體系和措施研究.中國名城，2009，3：34~40
28.壽州古城防洪減災的措施.中國名城，2010，1：37~41
29.借鑒古代經驗，防暴雨城市澇災.中國城市規劃學會編.規劃創新—2010年中國城市規劃年會論文集：745. 重慶出版社，2010
30. 漢魏洛陽城市防洪的歷史經驗及措施.中國名城，2012，1:67～72.
31. 論北京暴雨洪澇與城市防澇.中國名城，2012，10:4～13
32. 古代經驗對城市防澇的啟示.災害學，2012，3:111～115
33. 襄陽古城歷代防洪體系的建設及減災措施.中國名城，2013,4:47～52
34. 吳慶洲、李炎、吳運江、劉小剛.城水相依顯特色，排蓄並舉防雨澇—古城水系防洪排澇的歷史經驗的借 鑒與當代城市防澇的對策.城市規劃，2014,8:71～77
四、建築教育與研究
1.繼承先師事業，培育精英人才——談建築歷史與理論專業研究生的培養. 新建築，2004，4：62～64
2.中國建築史學近20年的發展及今後展望. 華中建築，2005，3：126～133
3.建築安全與保護生態環境—建築教育的世紀重任.全國建築學學科專業指導委員會、重慶大學主編.中國建築 教育.2009全國建築教育學術研討會論文集：3~7.中國建築工業出版社，2009
4.龍慶忠建築教育思想與建築史博士點30年回顧.南方建築，2012，2:48～53
5.納精英，育人材，帶隊伍，求發展——當系主任八年往事回顧，南方建築，2012，5:11～12
五、報刊文章
1.Cities built to avoid flood damage. CHINADAILY. November 5,1996：9
2.Roof Décor Stems from Mythology. CHINADAILY. December 31,1996：9
3.探秘：福壽溝造就不澇古城.光明日報.2011,8,12:15