主要有以下幾個缺點：
1、 交易便利，投資者容易進行頻繁進行交易，實時交易，門檻又低，很難做到長期持有。
2、 由於買賣ETF比較頻繁，換手率相當高，雖然費用很低，但是經過操作後，實際上費用很高。
3、 ETF基金有些規模較小，流動性差，可能買了就賣不出去。
4、 無法設置自動定投，很多投資者平時工作生活壓力大，沒有時間經常關註證券賬戶，通過銀行、第三方銷售基金平臺等配置定投計劃可能更省時省力。
5、 無法正確判斷入場時機。
6、 對資金量有壹定要求，壹次買入太少，產生手續費較高，得不償失。
什麽是ETF？
交易型開放式指數基金，通常又被稱為交易所交易基金（Exchange Traded Fund，簡稱ETF），是壹種在交易所上市交易的、基金份額可變的開放式基金。交易型開放式指數基金屬於開放式基金的壹種特殊類型，它結合了封閉式基金和開放式基金的運作特點，投資者既可以向基金管理公司申購或贖回基金份額，同時，又可以像封閉式基金壹樣在二級市場上按市場價格買賣ETF份額，不過，申購贖回必須以壹籃子股票換取基金份額或者以基金份額換回壹籃子股票。由於同時存在二級市場交易和申購贖回機制，投資者可以在ETF市場價格與基金單位凈值之間存在差價時進行套利交易。套利機制的存在，使得ETF避免了封閉式基金普遍存在的折價問題。
根據投資方法的不同，ETF可以分指數基金和積極管理型基金，國外絕大多數ETF是指數基金。目前國內推出的ETF也是指數基金。ETF指數基金代表壹籃子股票的所有權，是指像股票壹樣在證券交易所交易的指數基金，其交易價格、基金份額走勢與所跟蹤的指數基本壹致。因此，投資者買賣壹只ETF，就等同於買賣了它所跟蹤的指數，可取得與該指數基本壹致的收益。通常采用完全被動式的管理方法，以擬合某壹指數為目標，兼具股票和指數基金的特色。