——2006年成立的“先進集成技術研究院”由中國科學院、深圳市人民政府和香港中文大學通過友好協商成立，以機器人與智能系統、先進制造與裝備、汽車電子與節能為目標，
——生物醫學與健康工程研究所，成立於2007年，致力於高分辨率、多模態高端醫學影像與設備系統、先進生物醫學儀器、智能創新醫療器械和低成本健康科學技術研究的研發。
——先進計算與數字工程研究所，成立於2008年，以城鎮化與社會信息服務、高性能計算、雲計算、高性能地學計算、可視化、普適計算和計算工程與科學為目標，發展智慧城市和數字工程領域的應用基礎和核心關鍵技術。
——成立於2011，“生物醫藥技術研究院”以臨床需求、創新藥物和重大疾病為導向，以產業應用推動科學研究，以核心關鍵前沿技術和創新藥物為重點。
——成立於2011“廣州中國科學院先進技術研究院(籌)”是廣州市政府創新發展模式首批試點單位之壹。深入精密加工、現代服務業、新能源、新材料、電子信息等領域的項目和產品的研發、生產和營銷。
-麥戈文，中國科學院深圳先進研究院，2014成立，腦認知與腦疾病研究所(待成立)由先進技術研究院和麻省理工學院麥戈文腦研究所聯合成立，主要開展“腦科學研究新技術”和“腦疾病診斷與幹預”工作，在腦認知科學研究、仿人智能技術和腦疾病早期診斷與治療三個前沿領域，