中國治理荒漠化基金會先集中精力重點攻克中國不同地區、不同類型、不同程度的幾個荒漠化區域，探索實驗，取得成效積累經驗。
壹、甘肅民勤荒漠化綜合治理。為了有效遏制民勤荒漠化惡化勢頭、保衛並擴大民勤綠洲面積、逐步變沙漠為綠洲、實現總理制定的“決不讓民勤成為第二個羅布泊”的目標做出貢獻，按照“高起點規劃、高效能管理的要求，建設世界壹流水平的、國際化的兼具荒漠化綜合治理的“中國荒漠化綜合治理科技產業示範園區”，用八年的時間治理100萬畝荒漠化土地，有效遏制民勤荒漠化擴大勢頭，建設100萬畝綠洲，實現生態治理產業化，產業發展生態化。具體目標是：（1）建設1萬畝沙生苗木繁育基地；（2）治理和消滅66哥風沙口；（3）治理綠洲沿線60萬畝流沙；（4）治理10萬畝沙化耕地和10萬畝鹽漬化耕地；（5）重點治理青土湖沙化，建設生物質能源種植基地。
二、雲南石墨化治理。中國治理荒漠化基金會治理石漠化分會遵循“治理荒漠化、發展產業化”的戰略原則，重點治理以富源縣為典型代表的石漠化、九龍縣為典型代表的寒漠化，以東川區為典型代表的泥石流等荒漠化類型，配合國家東蠶西移和西部開發大戰略，重點發展具有雲南特色的蠶桑產業、魔芋產業、油橄欖產業、生物制藥產業等，為我國巖溶地區石漠化的治理探索了壹條可行的路子。
三、黃河故道綜合開發治理。2006年初中國治理荒漠化基金會與菏澤市人民政府合作，深入調查研究，征求專家意見，做出黃河故道治理開發實施的重點內容為：1體制創新、新型農業結構調整與設計；2土地資源開發利用、增加耕地、低產田改造；3新農村建設、基礎設施與投資管理；4生態型高效農業（畜牧業）產業帶；5特色產品及綠色農產品加工基地；6新型環境友好型制造業基地；7高效生物技術產業基地；8荒漠化治理、濕地保護與開發利用；9林地及林產品加工基地建設；10黃河故道生態高效農業創新工程環境保護體系建設。
四、內蒙古自治區治沙與沙產業發展。中國治理荒漠化基金會先後組織專家領導赴鄂爾多斯、阿拉善、錫林郭勒、興安盟等地實地考察，與德國首個合作項目的啟動區和推廣區放在了鄂爾多斯市達拉特旗、伊金霍洛旗和烏審旗，項目規劃治理100萬畝沙荒地，造林10萬畝，種植紫花苜蓿等優質牧草20萬畝，建成節水型高效牧草種植示範基地1萬畝，發展青貯玉米等飼料作物種植基地60萬畝，建設儲存量5萬噸的飼料儲備庫4座，建設標準化千頭優質肉牛繁育和養殖小區100哥，萬頭育肥場10座、10萬頭屠宰加工廠1座，發展聯營養殖戶1萬戶，建設存欄種母豬6000頭得原種豬繁育場1座，建成萬頭商品斯格豬養殖小區30座，建設檸條、沙柳等沙生灌木種苗繁育基地2萬畝，建設日處理汙水400立方米的大型沼氣工程，開發高科技生物項目。
除上述項目外，山東臨沂沙地治理與有機農業發展、吉林鹽堿地致力於耐鹽堿耐幹旱水稻的開發、四川水土流失治理與竹筍產業發展、新疆沙化鹽堿化治理與耐鹽堿植物產業的開發、山西煤礦生態恢復、陜西黃土高原荒漠化治理、西藏荒漠化治理與沙生槐產業開發等等，都在啟動運行中。