不同的立法目的
船舶優先權是以船舶為標的，以保障特定債權實現為目的，通過司法程序扣押甚至出售船舶，使債權人依法就出售船舶所得獲得優先受償的權利，它側重於對海事債權人的保護。海事賠償責任限制是在發生重大海損時，船舶所有人、經營人和承租人可以根據法律的規定將其責任限制在壹定範圍內的壹項法律制度，它側重於對海事債務人的保護。
沖突的原因
該基金的設立導致船舶無法被扣押，影響船舶優先權的行使。
壹般事故責任主體請求享受賠償責任限制的，應當在法院設立賠償基金。基金的設立具有保障債權實現的功能。責任人提交責任限制基金後，所有限制債權人不得扣押責任人的船舶。船舶被扣押的，應當予以釋放。船舶優先權可以通過法院扣押船舶來行使。
限制性債權與船舶優先權擔保的債權重疊。
海事請求所依據的債權是限制債權的，責任主體有權享有責任限制。我國《海商法》規定的限制性債權包括:人身傷亡、財產滅失或者毀損，包括對港口工程、港池、航道、助航設施的損害，以及對由此造成的相應損失的賠償請求；因海上貨物遲延交付或者旅客及其行李遲延到達造成損失的賠償請求；因違反與船舶營運或者救助作業直接有關的非合同權利造成其他損失的賠償請求；責任人以外的人對責任人依照本章規定可以限制賠償責任的避免或者減少損失的措施的賠償請求，以及對該措施造成的進壹步損失的賠償請求。
前款所列賠償請求無論如何提出，賠償責任都是有限的。但第4項涉及合同約定的責任人支付的報酬，責任人的責任不得援引本條的責任限制。我國海商法保障的債權有:船員工資、其他勞動報酬、遣返費用、社會保險費用的支付請求；船舶營運中的人身傷亡索賠；請求繳納船舶噸稅、引航費、港口費和其他港口費；請求支付海難救助款項；因船舶營運中的侵權行為而產生的財產賠償請求。
可見，限制性債權與船舶優先權所擔保的債權是重疊的。船舶優先權擔保的債權，按照法定受償順序，通過分配船舶拍賣價款實現；因平均事故產生的所有限制性債權，按照基金的分配方式，在基金範圍內進行補償。由於資金的分配和船價的賠償適用不同的原則，當債權既有限制債權又有船舶優先權擔保時，就會出現以何種順序受償的矛盾。
拍賣船舶價款的資金分配和補償適用不同的原則。
關於資金分配，我國《海商法》規定，壹般事故僅造成人身傷亡的，計算人身傷亡賠償限額，在限額內按比例支付賠償金；壹般事故僅造成財產損失的，計算財產損失賠償限額，在限額內按比例支付賠償金。共同海損事故造成港口工程、港池、航道、助航設施損壞時，相關賠款以財產損失優先受償。按照船舶優先權的賠償順序，船舶營運中因侵權行為造成的財產損失，壹律按比例賠償。壹般事故既造成人身傷害又造成財產損失的，先計算人身傷亡賠償限額。賠償限額不足以支付人身傷亡賠償請求的，差額部分與非人身傷亡賠償請求壹並從財產損害賠償限額中按比例賠償。從分配中獲得的財產損害賠償，如果有對港口工程、港池、航道和助航設施的損害，應給予優先考慮。根據船舶優先權的受償順序，人身傷亡賠償請求權優先於財產賠償請求權。可以看出，由於責任人申請了海事賠償責任限制，債權的清償順序發生了變化。
不合理的法律法規及解決方案
關於海事賠償責任限制基金的分配與有船舶優先權的船舶拍賣價款的賠償的沖突，我國海商法規定，船舶優先權不影響海事賠償責任限制的執行。海事請求人的債權為限制債權的，海事責任人可以申請海事賠償責任限制:海事請求人申請扣押船舶，責任人申請海事賠償責任限制並設立基金，使船舶獲得釋放。本次海損事故產生的所有登記債權，按照基金原則進行分配。非本海損事故產生的債權或非限制性債權人可以通過扣押船舶獲得擔保或者通過拍賣船舶價款獲得賠償或者責任人可以申請海事賠償責任限制設立賠償基金。
由此可見，壹般事故發生後，壹旦責任人申請海事賠償責任限制並設立基金，相關債權的分配將按照基金分配原則進行。資金分配完成後，受限制債權人即使未得到全額賠償，也不能再向責任人主張，但非受限制債權人可以通過單獨扣押船舶獲得全額賠償。根據優先受償原則，這些非限制性債權可以不在限制性債權之後受償。兩者都導致了債權可收回性的變化。
海事賠償責任限制的目的是限制海事債務人的責任，責任範圍內的賠償順序不是需要考慮的問題。因此，為兼顧兩者，建議作如下考慮:(1)壹般事故僅造成人身傷亡的，計算人身傷亡賠償限額，在限額內按比例賠償；(2)壹般事故僅造成財產損失的，計算財產損失賠償限額，在限額內按比例賠償(港口工程、港池、航道、助航標誌的損害賠償不再有優先權)；(三)壹般事故不僅造成人身傷亡，而且造成財產損失的，分別計算賠償限額，在各自的賠償限額內按比例支付賠償金；(4)為解決部分非限制性債權從屬於限制性債權，但可能獲得更充分的優先權的矛盾，筆者建議，如果這些非限制性債權是通過扣押、拍賣船舶價款支付的，可以從船舶價款中扣除基金已分配的優先債權金額，其余部分支付給非限制性債權，達到適當的平衡；(5)責任人申請以船舶拍賣價設立基金的，由海損事故造成的限制債權人和可以參與賠償船價的債權人分別登記債權。由此事故產生的有限債權，按照船舶留置權的清償順序，與其他可以參與支付船舶價款的債權壹並清償。