辦理程序：
相關縣級教育行政部門負責本縣（區、市）學生的申請工作。凡符合相關要求的學生均可向當地縣級教育行政部門以書面形式提出申請，並由學生本人如實填寫“家庭經濟困難大學新生入學資助項目申請表”。
縣級教育行政部門收到學生申請表後，須嚴格按照公開、公平、公正的原則，對申請學生資格、條件進行評審。經評審通過的學生名單必須在本縣（區、市）進行為期不少於5天的公示。公示過程中，如有異議，縣級教育行政部門必須及時進行調查、核實，並作出相應處理；經公示無異議後，由相關縣級教育行政部門在10個工作日內，按規定的資助標準將資助款發放到每位受資助的學生手中，並組織學生簽收。
相關縣級教育行政部門按有關規定將受資助學生名單逐級報送省級學生資助管理部門，省級學生資助管理部門將學生名單匯總後填寫“家庭經濟困難大學新生入學資助項目學生名單表”，於每年9月報送基金會（紙質及電子文檔）。
相關縣級教育行政部門均要建立入學資助項目受資助學生檔案並將相關情況錄入普通高中資助項目電子信息管理系統，申請表、錄取通知書復印件和由受資助學生本人簽字的簽收單壹律要造冊登記並保存3年以上，以備基金會和有關部門檢查。如發現有領取資助款後，不到高校報到註冊的，縣級教育行政部門要負責追回資助款。
基金會和全國學生資助管理中心將對入學資助項目的執行和落實情況進行監督與檢查。監督檢查的重點內容為:
1．相關縣級教育行政部門是否建立專賬管理項目資金，是否專款專用，是否有截留、擠占、挪用、抵扣、拖延支付等情況；
2．相關縣級教育行政部門是否將資助款及時發放給真正應該受資助的學生；
3．相關縣級教育行政部門具體操作程序和項目資金使用情況是否符合本辦法的要求，相關檔案制度是否建立和健全；
4. 相關縣級教育行政部門在項目執行過程中是否有其他違反本辦法規定的情況。