1.相關法律缺失
雖然社會組織管理的相關法律法規在不斷完善，《社會團體登記管理條例》、《基金會管理條例》等壹大批規範不斷出臺，但總體上看，這些法律法規無論是在立法層面還是在相關內容上都難以滿足社會組織管理的需要。立法層次低意味著法律規範的約束力不強，內容不完善意味著政策空白多，導致社會組織管理缺乏相關法律作為依據，阻礙其進壹步發展。
2.管理理念落後
在管理理念層面，現有的社會組織管理理念仍然陳舊，難以跟上社會組織發展的需要。目前，政府在管理社會組織方面仍然堅持直接控制而不是服務的理念。雖然直接的行政控制可以增強政府對社會組織的控制，但這種做法的負面效應也是積極而明顯的，即扼殺了社會組織的活力，導致其功能受到極大抑制。
3.僵化的管理機制
目前，我國社會組織的雙重管理模式，即社會組織既由民政部門管理，又由業務部門管理，極大地制約了社會組織的發展。需要註意的是，雙重管理體制的背景是計劃經濟時代，但隨著市場經濟體制的建立，這種具體而微妙的雙重管理模式帶來的負面效應正在不斷顯現，難以適應社會組織的發展需要。
4.粗放管理模式
目前社會組織的管理模式還處於粗放階段，政府只負責登記，對社會組織的評估和日常管理還不到位。導致我國社會組織公信力普遍較低，公眾對社會組織缺乏足夠的信任，導致其無法發揮應有的作用。以上供參考。