20世紀30年代，植物學的科研和教學隊伍逐漸擴大，迫切需要組織全國各地從事植物學研究的工作者更好地開展學術交流和科學研究。為此，錢、胡顯素、陳煥庸、教授等發起成立了中國植物學會。經過積極籌備，學會於8月20日在四川北碚中國西部科學院宣布誕生，1933。會上，錢當選為評審員。次年，在江西廬山蓮花谷舉行的學會年會上，當選為《植物學雜誌》(現為中國最早用中文出版的植物學學術刊物《植物學報》的前身)主編。從那以後，他壹直是植物學會的領導人之壹。
抗日戰爭爆發後，在中國西部科學院的幫助下，錢帶領中科院生物所部分科技人員轉戰西南大後方重慶北碚，並找到了立足之地。生物所遷至北碚後，經費更加困難，物價飛漲，國民黨揚言除非改為國營，否則不發平價大米，企圖控制該所。許多工人發現很難做到收支平衡。為了擺脫困境，錢帶領大家種菜、養豬等。，還和壹些高級職員在外面兼職上課，用便宜的大米補貼困難職工，維持最低生活，保住了這支隊伍。在這種極其困難的情況下，他還堅持研究工作，寫出了《四川北碚植物鳥瞰》、《四川木本植物四新種》、《四川北碚菊科植物》等論文。此外，錢在青城山采集的植物標本為科研和教育提供了寶貴的資料，至今仍在使用。
中華人民共和國成立後，黨對科學事業的重視和關心使錢深受鼓舞。他更加努力地工作。除領導中國科學院植物研究所外，他還親自參與植被與植物區系的研究，取得了許多新的成果，如《黃河流域植物分布概況》(與吳合作)、《中國植物區劃草案》(與吳正義合作)、《中國植被類型》(與吳正義、陳暢合作)、《中國森林植物區系》等重要著作。《黃河流域植物分布概況》壹文，為黃河流域人工造林和水土保持提供了科學依據，至今仍有壹定的參考價值。
1956，錢等5位科學家向全國人大提交的關於各省(區)需劃定若幹森林禁區(自然保護區)的92號提案獲得通過。林業部(現國家林業局)隨即於當年6月提交了《天然林禁伐區(自然保護區)劃定草案》，並於當年在廣東鼎湖山率先建立了中國第壹個自然保護區，拉開了中國自然保護區建設的序幕。
在七十歲時，主持編纂《中國植物誌》，任主編，並從事蕁麻科的編纂工作。中國是世界上植物種類最多的國家之壹，植物區系編纂任務十分艱巨。從1959到1965任主編期間，《中國植物誌》共出版了三卷。全書預計80卷125卷，約4000萬字。是我國農、林、牧、漁、醫藥、環保和植物學研究發展的基礎資料，也將是我國植物學發展史上劃時代的成就。