壹直從事有機合成反應研究，完成國家自然科學基金、教育部優秀青年教師資助計劃、教育部科技攻關項目、安徽省優秀青年科技基金等項目20余項。從2001開始，連續獲得國家自然科學基金資助七次(2001，2003，2005，2007，2009，2011，2013)。發表學術論文260余篇(國際影響力期刊150余篇，影響因子大於6.0期刊35篇，其中200余篇論文被SCI收錄，發表論文被SCI引用3000余次，單篇論文被SCI引用次數高達1次)。在美國和英國參與出版2本書，獲國家發明專利授權2項。科研分別獲得安徽省科學技術壹等獎(自然)(2013-R1)、教育部自然科學二等獎(2013-R1)、安徽省科學技術二等獎(自然)(2005-R1)。
入選中組部“百千萬工程帶頭人”國家特別支持計劃(2014)、國家人事部等七部委“新世紀百千萬人才工程”(2006)、教育部優秀青年教師資助計劃(2002)；是安徽省首批學術技術帶頭人、安徽省優秀專業技術人才(2011)、安徽省中青年學術帶頭人、安徽省重點學科學術帶頭人、安徽省高校重點實驗室學術帶頭人、安徽省省級科技創新團隊學術帶頭人、安徽省省級教學團隊帶頭人；從1994開始享受安徽省人民政府和國務院特殊津貼(2013)。
王樂妍是中國化學學會第26、27、28屆理事，中國化學學會有機專業委員會委員，安徽省化學學會第7、8屆副理事長，國家自然科學基金評審專家，教育部高等學校化學專業教學指導委員會委員，安徽省人民政府學位委員會委員，安徽省高等學校編制委員會委員，國際知名化學期刊:Chem。Rev、J.Amer.Chem.Soc、Chem.Commun、Chem.Eur.J、Adv.Synth.Catal、Org.Lett、J.Org.Chem、Org.Biomol.Chem、Eur.J.Org.Chem、Tetrahedron、Tetrahedron列特等50余種國際化學期刊特約審稿人。，Catal。Sci。技術。，Chemtchem。，Chemsuchem。布魯爾。醫學。化學。