截至2012年底，自然科學史研究所***有在職職工120人，研究員中有中國科學院院士1人、國際科學史研究院院士3人、國際歐亞科學院院士1人。
中國科學院院士：席澤宗
中國科學院百人計劃：孫小淳、方在慶 研究人員 姓 名主要研究方向常佩雨中國科學院院史陳樸近現代技術史、航天史、技術經濟 陳巍技術史、數學史陳曉珊中國古代科技史、地理史陳悅中西科技交流史、力學史杜新豪農學史、環境史樊小龍牛頓研究，科學革命方壹兵冶金史，近現代技術史，比較科技史方在慶科學史、科學哲學、科學社會學高山物理學哲學，物理學史高璐STS，技術的社會史與科技政策關曉武技術史與科技考古郭金海中國近現代數學史、中國近現代科學社會史、中國科學院院史郭園園古代阿拉伯數學史韓健平中國古代醫學史韓毅中國醫學史，人和動物的疾病防治史，藥物學史，醫學社會史，科學技術史文獻學等韓琦中國科學史(明清數學史、明清天文學史、中國印刷史、科學社會史)；明清史（中外科技、文化關系史，特別是中法、中英關系史，東亞科學交流史）；明清天主教史。郝劉祥科學文化何涓中國煉丹術，十九世紀末二十世紀初的中文化學名詞胡維佳中國科學技術史；中國科技政策史；科技戰略胡曉菁中國近現代科學史；地學史黃榮光日本社會經濟史 日本傳統工藝保護政策李昂生物學史李勁松中國古代化學史、教育史等李亮天文學史李萌科技政策、科技戰略廖育群醫學史劉輝紡織史劉金巖物理學史劉亮中國近現代科技史、農業史劉曉中國近現代科學史，法國科學與文化劉洋中國近現代科技史、口述史劉益東科技發展戰略、科技史、科技與社會魯大龍物理學史羅桂環生物學史、環境保護史羅興波科技社團史、中國近現代科技史、科學社會學馬敏敏環境考古寧曉玉天文學史蘇榮譽技術史、金屬史、冶金考古學、考古科學、文物保護科學技術藝術史、技術社會經濟史蘇湛物理學史、自然科學中的哲學問題、STS；近期的主要工作集中在對James Clerk Maxwell及19世紀中葉英國電磁學史的研究上孫承晟明清科學史、中西科學交流史孫烈技術史、中外科技發展比較；關註技術轉移、技術創新、工業化與現代化孫小淳天文學史， 科學史，科學史與科學社會學田渺數學史汪前進主要從事地圖學史、中外科技交流史、中國科學思想史、中國科技通史和科技宏觀發展戰略等方面的研究工作王斌中國近現代技術史王廣超中國天文學史王麗娜災荒史、科學社會史王彥雨科技戰略、STS王揚宗中國近現代科學史，中國科學院院史王勇忠中國近現代科學史、中國科學院院史魏毅歷史地理學、藏學熊衛民中國近現代科學社會史、生物學史、教育史；口述歷史徐丁丁生物學史徐鳳先天文學史 考古天文學顏宜葳醫學社會史、中國近代生物學史、中美醫學交流史楊麗凡中國古代造船技術、中國古代海上交通與交流、中外造船技術交流、中國科技規劃與戰略研究姚大誌西方科技史、技術哲學姚立澄物理學史袁江洋西方科學史；科學哲學；科學史理論曾雄生農學史張柏春技術史與力學史；知識傳播史與比較史；科技發展戰略。張蔔天西方中世紀和近代早期科學思想史，科學革命，特別關註現代性的起源，科學與哲學、神學的關系張佳靜中國近現代科技史張九辰地學史張明悟科技考古張誌會中國科學院院史；科技評估政策史；技術和工程哲學、張藜中國現代科學社會史、近現代化學史趙翰生中國古代紡織史及技術趙振江數學史、科技戰略鄭誠明清史、軍事技術史鄭術道家養生史、中西人體觀交流史、東西方心理學交流史周文麗古代科技史、冶金史鄒大海中國數學史，中國傳統科學思想史 截至2013年11月，1980年成立的中國科學技術史學會以自然科學史研究所為掛靠單位，先後主辦過數十次國際和國內的綜合或分學科科技史學術會議。大型國際會議－第22屆國際科學史大會的組織工作即由研究所和中國科學技術史學會***同承擔。該所有人擔任國際科學史學會副主席、國際東亞科學技術醫學史學會主席等職，對團結國內科技史界力量，加強同國際科技史界的聯合與合作發揮了重要作用。包括英國已故李約瑟博士、日本藪內清教授、著名物理學家、諾貝爾獎獲得者楊振寧教授在內的8名外國科學史家先後被該所聘為名譽教授。
自然科學史研究所同美國、英國、德國、法國、荷蘭、比利時、澳大利亞、日本、韓國、新加坡、臺灣和香港等國家和地區不斷進行科技史方面的學術交流與合作研究。先後與德國馬普學會科學史所、英國劍橋李約瑟研究所、柏林工大、愛爾朗根大學、圖賓根大學、意大利研究理事會、意大利博洛尼亞大學、法國遠東學院、韓國建國大學、俄國科學技術史研究所、日本東京大學、日本九州大學、日本國寶聯盟、澳大利亞悉尼大學和聯合國教科文組織、葡萄牙科技部等中國國外機構均保持良好的合作關系，並進行雙邊的人員互訪和圖書資料交換。