1，必須認真按照申請書的格式和要求填寫申請人隨意更改標題或者小標題，導致內容不符合要求的現象很普遍。最突出的是2.3擬解決的關鍵科學問題，在閱讀的36份申請書中，有30份（約85％！！）變成了2.3擬解決的關鍵問題，少了科學2個字，於是很多申請書將電鏡觀測或者什麽分子技術作為要解決的關鍵問題，與要求大相徑庭。又如申請人和主要成員的簡歷，有些申請書將主要成員漏掉了，更多的申請書則忽視了發表的論文和成果必須著錄全部作者的要求，出現了大量的“等”與“etal”，個別的甚至連前3名作者也沒有。
2，選題國家自然科學基金的定位是“支持基礎研究，堅持自由探索，發揮導向作用”，作為基礎研究，需要關註和應用最新研究成果，但決不可趕時髦：研究的熱點固然重要，更需要關註科學前沿，強調“新”。客觀的說，農口相當壹部分申請是應用基礎研究，除了原創性研究外，會有壹些在生命科學研究的基礎上，根據中國特色，開展相應的深入研究的項目，這樣的申請必須說明特色所在和對我國農業、環境的重要性以及深入研究的不可替代性。應用基礎研究的申請書要避免寫成技術性項目，純粹應用某種技術解決什麽問題不是基金支持的方向。
科學基金的申請原則之壹是“有所為，有所不為”，但有些申請書的題目過大，研究內容包羅萬象，面面俱到，沒有找準重點。至於項目組並沒有什麽前期積累或者相關基礎，僅僅根據項目的重要性申請立項更是不行的。
3，科學問題科學基金不是攻關項目。基金強調探索科學問題，簡單的說就是了解“是什麽”、“為什麽”和“怎麽”，將其中壹個黑匣子打開，有所發現，有所發明，有所創造，有所前進。基礎研究只有第壹，沒有第二，科學研究日新月異，因此必須了解國內外的最新動態，並凝練出所申請項目的科學問題。