綠色和平組織聲稱自己“堅持非暴力手段，在不侵犯人身和財產的原則下，和平地從事理想中的環保事業”。但他們的所言和所行就不大壹致。
1997年4月7日，在大西洋東北部海域，綠色和平組織成員破壞了壹艘油氣勘探船的海上設備。壹名參加行動的綠色和平組織成員說道：“破壞勘探設備行動很危險，但是石油公司沒有把氣候問題置於商業利益之上，我們就要替他們來做。”
2000年3月23日，綠色和平組織的抗議者闖入香港港島西廢物轉運站，當中約三十名人士攀上壹艘運載廢物的貨櫃船，展開靜坐，抗議香港在附近的堅尼地城焚毀廢物垃圾。但他們所抗議反對的焚化爐已在1994年關閉，2000年時香港已經完全不使用焚毀方式處理城市生活垃圾。而那次綠色和平組織運人到香港的“彩虹戰士號”輪船，同時帶去了大約十噸廢油和三立方米普通垃圾，要靠香港納稅人出錢讓港府去處理。
2011年2月11日，綠色和平組織的示威者破壞西班牙壹所核電站的圍欄，爬到核電站冷卻塔上，迫使電站緊急停止運營。這種緊急中止對於核電站來說，只要壹不小心，災難就接踵而至。綠色和平組織罔顧當地民眾和電廠職員的安危，特地這麽做，將他們作為人質來要挾電廠停工、政府資助其所推銷的其他新能源方案。
2011年7月14日，綠色和平組織的示威者們，闖入了壹個坐落於澳大利亞堪培拉的試驗農場。這個農場種植了半公頃可以降低血糖系數、改善腸道健康並提高營養價值的小麥，就因為這些小麥是轉基因實驗麥種，而綠色和平的示威者們就罔顧自詡的“不侵犯財產”原則，翻過農場的圍欄破壞了它們。
2011年6月10日，荷蘭阿姆斯特丹地方法院做出判決，對綠色和平組織成員發布禁制令，要求其不得對凱恩能源公司在格陵蘭海岸的合法業務進行幹擾。此前，綠色和平的小艇曾開到了該公司的海洋鉆井平臺下方，並阻止鉆井平臺的正常工作。這壹切都是因為綠色和平認為“北極壹旦發生石油泄漏，將無法清理幹凈”，而凱恩能源卻沒有公布漏油應急預案。
2011年7月21日“綠色和平”組織成員涉嫌非法毀壞CSIRO的財產，澳大利亞警方於21日上午突襲並封鎖了“綠色和平”的悉尼總部，但並未逮捕任何人。國際植保協會（CropLife）譴責“綠色和平”的襲擊破壞行為，稱他們在阻礙有價值的科學研究。 1995年，綠色和平組織得知殼牌公司被批準將廢置的布蘭特史帕爾儲油平臺沈入北海深埋。當年夏天，綠色和平組織成員就占據了這座位於英國與挪威之間海域的石油平臺，目標是阻止殼牌公司沈埋或移動它，綠色和平的德國分部還提出將占領期限由幾個星期延長到幾個月。當年5月到6月，運動在歐洲，特別是德國形成了相當大的勢頭，當地殼牌加油站甚至被綠色和平鼓動的示威者縱火。
6月，在巨大的壓力下殼牌公司聲明放棄對於平臺的深海處理方案。隨後的獨立調查發現，布蘭特史帕爾儲油平臺在廢置前已經過徹底清理，除了壹堆廢鐵以外，並沒有綠色和平組織聲稱的有毒與放射性廢棄物。盡管綠色和平組織承認錯誤，但依然公開表示不改變反對殼牌深海沈埋方案的立場。而早在1987年，綠色和平組織無法修復的原“彩虹勇士號”輪船就被沈入新西蘭海灣，成為壹個人造礁。同是壹大堆廢鐵，布蘭特史帕爾儲油平臺被沈埋，就被綠色和平組織說成是“殼牌公司將北海當作自家垃圾場”；“彩虹勇士號”被沈埋，就被綠色和平組織自詡為“有利於海洋生態的人造島礁”。
綠色和平組織雖非恐怖組織，但生態恐怖組織的思想資源與綠色和平組織“人類在地球可有可無”的極端思潮也只是五十步和壹百步的區別。在彼得·李斯特的研究著作《激進環保主義：哲學與策略》中提到，綠色和平組織拍攝的影片使“公眾對極端環保行為的道德態度軟化，對‘非常規’的環保策略接受度也有所增加。”接受了這種理念的綠色和平信徒，更容易相信生態恐怖組織“為了至高的野生動物和植被的生命，放火扔炸彈都不算什麽”的信條。普瑞格出版社2006年出版的《生態恐怖主義：極端環保與動物解放運動》中提到，那些熱衷於縱火、打砸、暴力傷人的生態恐怖分子“經常是從和綠色和平組織抱有相同想法的人群中招募”的。 綠色和平組織除了經常暴力破壞他人私產，也常被揭出造假說謊。綠色和平組織壹直聲稱在21世紀前五十年到七十五年，地球上的物種將會滅絕壹半以上。但長年投身於環保事業的科學家比約恩·隆伯格在《多疑的環保主義者》壹書中提到，他曾多次公開向綠色和平組織指出這壹結論的錯誤：在科學上能站住腳的至為悲觀的估計數據，也不過是五十年內地球物種會消失百分之零點七，相比壹半的比例是天差地別。綠色和平的丹麥分部負責人不得不承認組織內部接受比約恩·隆伯格的指正，但綠色和平總部的官方生物多樣性報告仍然堅持原先錯誤的論點。在挪威媒體公開質問綠色和平的挪威分部後，綠色和平組織挪威分部負責人不得不舉行記者招待會，接受指責並聲明“在重新評估之前的數據”，但同時說：“如果大多數人都不信世界隨時會面臨生態災難，那他們就不會嚴肅對待環保組織了。”意思就是說，綠色和平編謊是為地球命運，不要太過苛查他們的觀點有幾分可信。
2007年，壹項綠色和平資助、法國人塞拉利尼完成的研究結論聲稱，孟山都的轉基因大米MON863會對實驗用鼠的壹些生理指標產生不利的影響。兩年以後，同壹研究組又用類似方法試圖證明孟山都的另壹種轉基因大米MON810也會損害實驗用鼠的健康。這兩項研究發表後，壹個由六位來自不同領域科學家組成的專家小組在《食品化學毒物學（Food and Chemical Toxicology）》上發表論文指出，塞拉利尼自己並沒做任何實驗，而僅僅帶偏見地選擇性引用了部分孟山都公布的實驗數據，並采用了錯誤的統計方法，得出了錯誤的結論。 此後，歐盟食品安全局和澳大利亞新西蘭食品標準局也否定了塞拉利尼的論文。 2014年4月11日夜9時許，綠色和平組織中國資深項目主任賴蕓等三人潛入華中農業大學位於海南陵水的水稻基地試驗田，偷竊水稻材料，被基地師生現場抓獲。綠色和平組織作為國際知名的NGO組織，竟然做出這種沒有底線，偷竊試驗材料的事情。不管出於何目的，這種公然違反國家法律的行為都應該受到嚴厲的譴責和法律的制裁。
當天晚上9點40分左右，基地看門的賴師傅發現，有人在試驗田偷竊材料。這時，科研人員沖出基地，抓到的正是下午的壹男壹女。“兩個人從我們的田埂上來，遠處還有壹個人在把風。女的把偷到的材料藏在衣服裏面，非常明顯。”張慶路說。基地工作人員發現了三包B5紙張大小的自封袋，裏面裝有種子和葉片。嚴建兵說，壹開始，這3名不明身份人員拒絕透露其所屬單位。但在工作人員壹再逼問下，對方才表示：“我們是綠色和平組織的，怎麽地吧！”
嚴建兵發布博文後，當事人賴蕓與其所屬的綠色和平組織先後在微博上進行了回應。其中，綠色和平組織聲稱，該組織的確存在派人前往水稻基地采取行動的情況，但前提是水稻育種基地本身存在問題。微博中，該組織將獲取水稻稻葉和稻穗的行為稱作“暗訪調查”。值得註意的是，嚴建兵在博文中指出，綠色和平組織壹行人“從我們田埂上上來”，而綠色和平組織則稱“並沒有進入圍墻”。最後在網友幾度質疑下，他們才承認，其人員確實在育種基地內“取樣”，並表示這是“調查需要”。
2014年5月5日，農業部向全國各轉基因研發單位下發《農業部辦公廳關於嚴防轉基因試驗材料流失的通知》，要求“嚴防轉基因材料遺失和被人惡意擴散，避免我國科研核心機密和種質資源材料被竊取，給國家造成不可挽回的損失”。 嚴建兵認為，農業部的通知文件對推動整個事件有重大的正面意義。據他透露，國家安全局已介入此事進行全面調查，調查進展和結果還需等待，但毫無疑問，壹旦該事件中的實驗材料被定性為國家科研機密，涉事人員將因竊取國家機密而被有關部門嚴肅處理並承擔法律責任。針對農業部發出的這份文件，中國科學院遺傳與發育研究所研究員朱禎做了解讀。他提到，綠色和平組織是壹個境外組織，其盜竊水稻材料的性質，在農業部的文件中已經被明確定義；除了盜竊本身的問題之外，它還跟國家的壹些法律相抵觸。國外曾發生過類似事件，當局均立案調查，同時對當事人采取了限制出境、行為監控等嚴格措施。相較於中國相關部門的反應，朱禎認為，我們的相關部門會經過較長時間的調查，但最終應該采取果斷措施、進行嚴肅處理。 綠色和平壹直受到政府，工業界，甚至其它環境組織的非議。它被法國特別部隊轟炸過，因非法侵入這壹類小罪被逮捕過。組織的管理機制和它使用的非暴力直接行動（某些被認為是非法的社會擾亂行為：例如示威者用鎖鏈將自己和雀巢公司的貨車鎖住，阻塞其工廠）是受爭議的主要來源。另壹方面，也有人覺得綠色和平太過主流化。海洋守護者領袖Paul Watson曾經稱之為“環保運動的雅芳小姐”，壹位它們逐家逐戶的籌款是依賴於媒體故意曝光的配合，媒體總是把綠色和平的名字放在首頁以增加其曝光度。
有時，綠色和平更為達到目的而渲染誇大。1975年秋天，綠色和平帶著記者團去拍攝愛斯基摩人獵取海豹的“殘酷鏡頭”。綠色行動組織的時任總裁羅勃特·亨特曾指“如果不禁獵，格陵蘭海豹將在五年內絕種。”在新聞媒體炒作、歐美電影明星和政治人物支持下，1983年歐洲議會在壓力下宣布禁止幼豹皮在歐洲出售，令整個海豹的皮毛市場崩潰。但加拿大野生動物基金會會長說：“我們並不擔心格陵蘭海豹會絕種。”受委托調查的人道機構，也發現獵殺海豹的方法並非不人道。加拿大北極圈的獵人因為斷了生計，11年內有152人自殺。
兩位綠色和平的批評家分別是：冰島電影攝制者馬格努斯·格維茲蒙茲松（Magnus Gudmundsson）和帕特裏克·摩爾。格維茲蒙茲松是支持捕鯨的紀錄片“在北方極地生存”的導演，他把焦點集中於反捕鯨和捕海豹所帶來的社會影響。摩爾是前國際綠色和平主席，主要針對保護英國哥倫比亞森林的鬥爭。 綠色和平的支持者說，格維茲蒙茲松和摩爾像許多批評家壹樣，都是接受了相關工業界的可觀報酬。有時候，某壹運動的科學或事實基礎備受非議，特別是Brent Spar石油平臺事件。在該事件中，綠色和平地進行了壹次成功的鬥爭，他們占領了Brent Spar並實現了聯合抵制，迫使平臺的所有者英荷皇家殼牌拆除了平臺而不是在上面鉆空。後來，人們普遍認為從環保的角度來看，Shell也有權在那裏鉆空。綠色和平片面地把事件放在油量和在結構上可能遺留的未經證實的汙染上。
2003年9月，Public Interest Watch(PIW)向國內稅收部控訴，稱綠色和平的捐稅收入是不準確和違反法律的。PIW稱，綠色和平以非盈利捐贈名義代替慈善和教育用途。PIW希望IRS對這宗控訴展開調查。綠色和平否認這壹控訴並要求PIW透露它的基金會成員，PIW執行理事Mike Hardiman拒絕了這壹要求。綠色和平的慈善組織身份從1989年開始在加拿大被廢除。2006年3月，方舟子因315消費者權益保護日為北京科技報撰文，質疑該組織反對轉基因食品的研究是在借環境保護之名，行阻礙科學之實。
綠色和平組織前主席帕特裏克 · 摩爾在多處文章和演講中都提到，他的前同事們現在“完全拒絕主流政治***識與可持續發展的思潮，更偏愛持續的對抗和與日俱增的激進主義而非對話。他們將環保運動帶入了壹個由零寬容和極左翼思想引領的時代。”
陷入環保激進主義的綠色和平組織成員將人類完全當做地球之癌癥，他們推崇赫伯·哈默的壹句話：“在生態系統的所有組成部分中，只有人類是完全可有可無的。”這些人也反技術，所有大機器都被認為是天然有害的，技術只能為完全無用的東西背書。綠色和平組織也反貿易，不止是自由貿易，而是所有貿易。所有企業無分大小都是貪婪、邪惡與腐敗的化身，與綠色和平組織關系良好的“天然森林網絡”組織公然宣布“全世界有必要采取逐步徹底淘汰的策略來消滅基於消費的資本主義體系”。總而言之，現在的綠色和平組織，其宗旨已經是反對所有人類文明取得的成就，希圖建立壹個伊甸園式的綠色烏托邦。在他們眼裏，從化學到食品，所有工業都是“魔鬼的元素”，要消滅；從蘋果電腦到金槍魚罐頭和礦泉水瓶，統統是有毒有害貽害萬年的無用東西。