藍巖鬣蜥從1996年至2004年間均被均被世界自然保護聯盟列為極危物種，但成功的圈養繁殖令它們的種群的數目得以趨向穩定，免除滅絕的危機。 藍巖鬣蜥被世界自然保護聯盟列為極危。群落只限制在大開曼的東部，於1998年就衰落至極為危險的情況，只余下3只。它們的分布地於過往25年就縮減得很厲害，很多位點都已經沒有它們的蹤跡。於2003年就發現它們的數量只有5-15只。2005年前就認為它們的野生群落已經滅絕。它們是地球上最瀕危的物種之壹。於2008年，有6只藍巖鬣蜥被殺，令它們的情況更為衰落。
藍巖鬣蜥的草食性可以幫助在大開曼內傳播種子。研究發現經過藍巖鬣蜥消化道的種子發芽較快。它們亦可以將種子帶到新的地區，可以幫助平衡惡劣環境的氣候及植物生長。
自2005年從伊麗莎白二世植物園（Queen Elizabeth II Botanic Park）及薩利納保護區（Salina Reserve）釋放了到野外後，藍巖鬣蜥發展了壹個約有125只的群落。伊麗莎白二世植物園的群落是自2001年起就已經開始培育，而薩利納保護區的則是自2006年從3只蛋孵化後開始培育。2007年亦有壹次大規模的放生行動，令野外的藍巖鬣蜥數目增加至299只。 棲息地的破壞是藍巖鬣蜥面臨滅絕的主因。它們的棲息地被清除作為農地、公路及地產項目發展。另外，傳統的農地變更成畜牧的草場也影響藍巖鬣蜥的次級棲息地。大家鼠、野貓及流浪犬會掠食及傷害藍巖鬣蜥，令野生群落的生存倍感壓力。路殺亦是另壹增加死亡率的原因。雖然當地有法律保護，但仍舊會有獵殺藍巖鬣蜥的情況。
美洲鬣蜥成功由洪都拉斯引入到大開曼，成為了入侵物種，數量遠遠超過藍巖鬣蜥。雖然這並沒有對藍巖鬣蜥帶來直接的影響，但美洲鬣蜥的出現卻減低了公眾對藍巖鬣蜥的關註。公眾會被大量的美洲鬣蜥誤導，以為藍巖鬣蜥並非如報告般瀕危。藍巖鬣蜥經常會被售賣給旅客作為寵物。1999年，世界自然基金會就指英國政府超過20年忽視海外領地的自然保育。很多物種因而滅絕。英屬加勒比群島在生物多樣性方面非常豐富，有很多特有的瀕危物種，但當地卻沒有實施及執行《瀕危野生動植物種國際貿易公約》。 美國動物園暨水族館協會（American Zoo and Aquarium Association）自1990年起就已經將藍巖鬣蜥列為最高級的保育對象。他們首個計劃就是希望培育藍巖鬣蜥。計劃初期就已經要面對捕獲回來的藍巖鬣蜥並非純種的問題。.經過5年的研究，終於成功發展了兩個培育的群落，讓群落互相繁殖來改善遺傳多樣性。另外，在美國本土的25個動物園也有培育藍巖鬣蜥的計劃。例如印第安納波利斯動物園（Indianapolis Zoo）自2000年起就兩次成功培育藍巖鬣蜥。
2006年首次有幼蜥被放生到野外。每壹只放生的藍巖鬣蜥頸上都帶有識別帶，並植入了晶片，其獨有的頭部鱗片亦有紀錄。
私人的培育亦有進行。由於只有非常少量的純種，私人培育的多為與開曼鬣蜥及古巴鬣蜥的混種，這可以減低寵物市場對藍巖鬣蜥的需求。 藍巖鬣蜥保護計劃（The Blue Iguana Recovery Programme）是源自開曼群島1990年的計劃。保護計劃連合了開曼群島的環境部門、國民信托、伊麗莎白二世植物園、澤西野生動物信托基金（Durrell Wildlife Conservation Trust）、國際爬蟲類保育基金及歐盟委員會。這個計劃得到豁免於現行開曼群島禁止捕獵或飼養藍巖鬣蜥的法律。其保育政策包括培養幼蜥至2歲大，在保護區建立亞群落。 工作包括研究、保護巢區及監察放生的動物。
在伊麗莎白二世植物園及薩利納保護區已成功復生了兩個亞群落。保護藍巖鬣蜥的棲息地仍然很重要,而薩利納保護區就只有36萬平方米的叢林，並不足以供1000只藍巖鬣蜥居住。其他地區也會引入新的亞群落。長遠來說整體的飼養群落仍未能造到遺傳多樣性。 個別的藍巖鬣蜥會被帶到不同的群落，以確保整體群落的基因流。當野生亞群落到達飽和狀態，計劃就會停止放生，讓它們自行繁殖。透過研究、監察及控制掠食來保護幼蜥的生存率及亞群落的發展。