專項債務的本金通過相應的政府性基金收入、專項收入和發行專項債券償還。專項債務利息應當通過相應的政府性基金收入和專項收入償還，不得通過發行專項債券償還。專項債務收入應在政府性基金預算收入總線下反映，省級應在“專項債務收入”下納入相應的政府性基金債務收入科目，市縣級應在“地方政府專項債務轉貸收入”下納入相應的政府性基金債務轉貸收入科目。
法律依據:《地方政府專項債務預算管理辦法》
第壹條為規範地方政府專項債務預算管理，根據《中華人民共和國預算法》、《國務院關於加強地方政府債務管理的意見》(國發〔2065〕438+04號)等有關規定，制定本辦法。
第二條本辦法所稱地方政府專項債務(以下簡稱專項債務)包括截至04年2月314日的地方政府專項債券(以下簡稱專項債券)和非地方政府債券形式的專項債務(以下簡稱非債券形式的專項債務)。
第三條專項債務收入、安排支出、還本付息和發行費用納入政府性基金預算管理。
第四條專項債務收入通過發行專項債券籌集。
省、自治區、直轄市政府是專項債券的發行主體，省級財政部門負責具體發行。市、自治州、縣、自治縣、不設區的市、市轄區政府(以下簡稱市、縣政府)發行專項債券確有必要的，應當納入省、自治區、直轄市政府性基金預算管理，由省、自治區、直轄市政府統壹發行並向市、縣政府貸款。經省政府批準，計劃單列市政府可以自行發行專項債券。
第五條專項債務收入應當用於公益性資本支出，不得用於經常性支出。
第七條專項債務收支應當按照相應的政府性基金收入、專項收入實現項目收支平衡，不同的政府性基金科目不得調整。執行中專項債務對應的政府性基金收入不足以償還本息的，可以從相應的公益性項目單位劃轉彌補。