壹是按國家法律、法規、規章和國務院的有關規定需要專項管理的資金，如預算外資金、糧棉油收購資金、基本建設資金、更新改造資金、社會保障資金等，必須納入專用存款賬戶使用和管理。其中，預算外資金是指國家機關、事業單位為履行或代行政府職能，依據國家法律、法規或具有法律效力的規章而收取、提取和安排使用的、納入國家預算管理的各種收費性資金。為從源頭上遏制、預防和治理腐敗，加強預算外資金管理，推動收支兩條線和罰繳分離工作，根據國務院有關規定，行政事業單位收取或取得的財政預算外資金，必須設立專戶存放，該賬戶的資金只能按規定及時上繳國庫或財政專戶，不得用於本單位的支出。糧、棉、油收購資金是指用於國家和地方專項儲備的糧棉油的收購、儲備、調銷資金和國家定購糧棉油的收購資金，屬封閉運行的政策性資金。為防止收購資金被擠占、挪用，保證糧棉油調銷、回籠資金及時、足額歸位，根據規定，糧棉油收儲企業的收購資金必須設立專戶，規範使用，嚴格管理。
二是具有專項投資用途的資金，如證券交易結算資金、信托基金、政策性房地產開發資金等，為加強其使用和管理，保障投資人利益，壹並納入專用存款賬戶管理。其中，證券交易結算資金，是客戶交易結算資金、證券公司自營資金、其他證券交易資金的統稱。按照規定，客戶交易結算資金必須全額存入具有從事證券交易結算資金存管業務資格的商業銀行，單獨開立專用存款賬戶管理，嚴禁挪用。證券公司自營資金必須嚴格與客戶交易結算資金分離，單獨開立專用存款賬戶，按規定劃撥其自有資金或者接受從客戶交易結算資金專用存款賬戶所劃轉的款項。其他證券交易資金，如清算備付金也要開立專用存款賬戶，用於存放證券公司清算備付金。 三是其他需要專設賬戶管理的資金，如金融機構存放同業、黨團工會的組織機構經費等，也納入專用存款賬戶管理。其中，金融機構存放同業資金是除中央銀行以外的金融機構，存入他行用於日常結算往來的款項，是委托他行辦理支付結算代理業務的資金。長期以來，該項資金壹直在各銀行存放同業科目下分設賬戶進行核算，從未納入單位銀行結算賬戶管理，其開立和使用存在制度盲區。《辦法》將其納入專用存款賬戶，對其開立使用作出了明確規定，有利於規範金融機構銀行結算賬戶的開立使用。