世界自然基金會創始階段的壹位重要人物是英國著名的生物學家朱安利.赫胥黎。他曾是聯合國教科文組織第壹任總幹事，也曾幫助建立了壹個以科學研究為主的自然保護機構－－世界自然保護聯盟（IUCN）。 1960年，赫胥黎前往東非，作為聯合國教科文組織在該地區野生動物保護活動的顧問。回到倫敦後，赫胥黎在《觀察家》報上發表了三篇文章以警告英國公眾。他在文章裏指出，如果人類以如此的速度去破壞動物棲息地，捕殺野生動物，那麽該地區的野生物種在20年內就會毀滅殆盡。赫胥黎的文章立即在英國引起轟動，公眾們開始認識到自然保護是壹個嚴峻的問題，赫胥黎收到許多公眾的來信，其中包括壹位名為維克多·斯托蘭的商人。他在信中指出可以創立壹個國際組織來籌集保護自然的資金，但斯托蘭指出自己的身份不適合親自創辦這樣的組織。赫胥黎於是與英國自然保護組織總幹事鳥類學家馬克斯·尼科爾森取得聯系。
1961年，尼科爾森召集了壹批科學家和公***關系專家，均贊同成立斯托蘭所建議的基金會。由於新成立的基金會計劃與世界自然保護聯盟攜手合作，而此前世界自然保護聯盟已將其總部遷到瑞士日內瓦湖北岸莫爾日的壹個小鎮，他們決定將基金會的總部設立於此。世界自然保護聯盟對其十分歡迎。在雙方合作協議書上這樣寫到：“我們將***同努力，去喚起公眾的意識，讓世界認識到保護大自然的重要。”世界自然基金會於1961年9月11日正式作為慈善團體登記註冊。世界自然基金會第壹個國家計劃於1961年11月23日在英國建立，愛丁堡公爵擔任主席。12月1日，美國也繼而成立了世界自然基金會國家機構，接著是瑞士。
1962年，世界自然基金會為印度阿薩姆邦上西隆高原地區的佩濟先生資助131美元，以保證其能夠前往卡奇沼澤地區去調查印度野驢的現有數目。佩濟找到了870只。到1975年，這種野驢的數目降到了400只，並面臨著滅絕的危險。於是世界自然基金會在該地區設立了野驢保護區，到八十年代中期，野驢的數目已超過2000只。 1969年，世界自然基金會與西班牙政府聯手購買了瓜達爾基維爾河三角洲的沼澤地帶，並建立了科托多納納國家公園。 從創始以來，世界自然基金會就認識到人們為該組織捐款因為他們想為自然保護直接做些貢獻。人們不希望自己的捐款被用在機構管理上。 1970年，荷蘭伯恩哈特王子（後來擔任世界自然基金會國際總部的主席）為該組織建立了壹個牢固而獨立的經濟基礎。世界自然基金會設立了1000萬美元的基金，被稱為“1001：自然信用基金”。為此壹千零壹個人每人捐款1萬美元。從此世界自然基金會國際總部便可以用這個款項的利息作為機構管理的開支。因此當1973年世界自然基金會幫助印度政府開展拯救老虎計劃時，公眾得到保證他們的捐款將直接被用來拯救這種被看作神聖但卻面臨滅絕的老虎。印度前總理甘地夫人為此建立了實施六年老虎保護計劃的專門機構，並設立九個老虎保護區。隨後印度又增加了六個保護區，尼泊爾增加了三個，孟加拉國壹個。
兩年後，世界自然基金會開始了保護熱帶雨林的活動。該組織籌集資金並幫助中非、西非、東南亞和拉丁美洲幾十個熱帶雨林建立起國家公園或自然保護區。1976年，另壹項“海洋必須活著”的保護海洋計劃展開了。世界自然基金會為鯨、海豚、海豹這些海洋動物設立了海洋保護區，並看護海龜的繁殖地。七十年代末，世界自然基金會又開展了“拯救犀牛”的運動，他們很快籌集了壹百多萬美元的款項來對付犀牛偷獵活動。與此同時，由於認識到動植物以及諸如象牙、犀牛角的買賣活動使動植物面臨滅絕的危險，世界自然保護聯盟創建了壹個控制野生動物交易的機構。這個名為TRAFFIC（野生動植物貿易調查委員會）的組織是於1976年在英國首先設立的。1979年壹位不願透露姓名的捐助者為世界自然基金會提供了壹處現代化的辦公樓，它位於日內瓦和絡桑中間地帶，日內瓦湖畔的格朗。 七十年代末，世界自然基金會已從壹個關心瀕危動物和保護動物棲息地的生態團體發展成為壹個關註所有自然保護問題的世界性組織。有些組織者已認識到，最重要的是將發展與保護聯系起來
八十年代初，世界自然基金會與世界自然保護聯盟、聯合國環境規劃署***同發表了《世界自然保護戰略》。這項由聯合國秘書長簽署的戰略在世界34個國家的首都同時展開。它意味著人類走向自然保護的新步驟，並顯示持續利用自然資源的重要性。自從這壹戰略的開始，50多個國家已經制定出各自的國家戰略。壹個通俗的版本《如何拯救我們的世界》也已用多種語言發表出來。1981年，當愛丁堡公爵代替約翰·勞通擔任世界自然基金會主席時，該組織已在世界各地擁有壹百萬長期支持者。1983年，隨著自然保護郵票收集活動的展開，捐款數額迅速增加。 1985年，該組織促使國際社會延緩捕鯨行動，並爭取在南極洲為鯨魚建立壹個海洋保護區域。1986年，世界自然基金會認識到它原有的名稱“世界野生動物基金會”已無法再反映該組織的活動範圍。於是該組織將名稱改為現在的“世界自然基金會”以表示其活動範圍的擴大。只有美國和加拿大的分支機構仍然沿用舊名。 從九十年代開始，世界自然基金會重新制定了其戰略計劃。擴大之後的戰略重申了世界自然基金會自然保護的主題，並將組織的工作歸劃為三個獨立的部分：生物多樣性的保護、促進對自然資源和持續發展利用的觀念、以及減少浪費行消費和汙染。九十年代的戰略還減少了世界自然基金會的主導化，以增加與當地居民的合作
1990年，世界自然基金會成功地開展了限制象牙交易的國際活動。1992年，它與其他組織***同促使各國政府在巴西裏約熱對內盧召開的聯合國環境與發展大會上簽署了生物多樣化和氣候公約。世界自然基金會同時還與其他各民間環保團體保持著聯系。它尤其重視與當地居民合作，解決各地迫切的自然保護問題。
在贊比亞卡富埃平原地區，世界自然基金會幫助當地政府成功地解決了發展和保護之間的關系。當地居民接受訓練成為保護野生沼澤羚羊的壹支力量，他們看護並報告這種不斷銳減的羚羊的數量，由於當地居民保護措施得力，羚羊的數目如今不斷增多，並可以通過捕獵淘汰壹些弱者。通過向打獵愛好者收取的費用又重新用於社區發展和野生動物保護方面上。