各地新農合報銷規定不壹。建議盡快提交報銷，尤其不能拖到第二年，那樣會比較麻煩。在縣市住院的居民，建議出院後半個月到壹個月內給新農合報銷，在縣市外或省外就醫的居民。新農合審批後，最好在三個月內申請新農合報銷。
醫療保險機構可以通過“收入戶存款”開戶銀行收取費用，也可以通過支票、現金、電匯、銀行本票等方式收取費用。，並開具專用收據。醫療保險機構財務管理部門每月與銀行對賬，並將回單反饋給征收部門。2.醫療保險機構征繳部門根據財務管理部門反饋的醫療保險費繳納情況，向申報後未按時足額繳納醫療保險費的參保單位發出社會保險費催繳通知書。逾期不執行的，應當向勞動保障行政部門提供相關信息和資料，勞動保障行政部門應當限期改正。
未納入新型農村合作醫療報銷範圍的:
(壹)非統籌地區定點醫院門診醫療費用
(二)違反計劃生育政策的計劃生育措施費用、醫療費用；
(三)牙科、正畸、驗光配鏡、助聽器、人工器官、美容治療、整形美容外科、康復醫療。
(四)因自殺、自殘、服毒、吸毒、打架等違法行為及其家屬故意行為而發生的醫療費用；
(六)出國或在港、澳、臺停留期間發生的醫療費用；
(七)不按城鎮職工醫療保險制度報銷的藥品和物品；
(八)區醫管委確定的其他費用。
法律依據:
《中華人民共和國社會保險法》第三十條
下列醫療費用不納入基本醫療保險基金支付範圍:
(壹)應由工傷保險基金支付的；
(二)應當由第三方承擔的；
(三)應由公共衛生承擔的；
(4)出國就醫。
依法應當由第三方承擔的醫療費用。第三方無力支付或者無法確定第三方的，由基本醫療保險基金先行支付。基本醫療保險基金先行支付後，有權向第三方追償。