作為科研和教學的組織保障，前沿交叉學科研究所設立了精幹的行政機構。
納米科技研究中心
北京大學是中國最早開展納米技術研究的單位之壹。1997年9月，率先成立了納米科學與技術跨學科研究中心(以下簡稱中心)，整合了化學學院、信息學院、物理學院和生命科學學院的納米科學與技術研究力量。在北京大學的大力支持下，經過十多年的努力，該中心已成為我國納米技術領域的重要研究機構。
中心下設納米化學、納米電子學、納米器件與集成技術、納米結構與低維物理、納米材料和生物技術五個研究部門，下設23個研究小組。中心現有研究人員約150人，其中教授20人，副教授5人，工程師3人，博士後和研究生約120人。目前擁有中國科學院院士1人，長江特聘教授4人，國家傑出青年基金獲得者8人，教育部新世紀傑出人才基金獲得者4人，國家納米重大科研計劃首席科學家3人，基金委“表面納米工程”創新研究群體1人，教育部創新團隊2個。
目前擁有教育部“納米器件物理化學重點實驗室”1重點實驗室和“微納加工實驗室”、“電子顯微鏡實驗室”、“納米化學研究中心”三大公共實驗平臺。2003年，中心開辦了“納米技術研究生班”，每年招收10-15名從事納米技術跨學科研究的研究生。2008年，“納米科學與技術”被批準為北京市重點學科。
主要研究方向:
1)納米化學和單分子科學；
2)納米材料和介觀物理；
3)納米電子學和分子電子學；
4)納米器件和集成技術。
定量生物學中心(前身為理論生物學中心)
定量生物學是在生命科學迅速發展，數學、物理、化學、信息科學、工程學等定量學科交叉融合後正在興起的壹門新學科。自上世紀末以來，生命科學發生了迅速甚至革命性的新變化。生命科學逐漸從定性、描述性、局部性的研究發展到準確、定量、綜合的研究。研究重點從關註分子擴展到尋找生物系統的整體規律。生命科學的飛躍離不開定量科學技術，生命科學中的大量新問題為這些傳統學科的發展提供了動力和源泉。
在李政道先生的提議和北京大學的大力支持下，北京大學數量生物學中心(原北京大學理論生物學中心，以下簡稱“數量生物學中心”)於20065438年9月正式成立。2006年4月，該中心成為新成立的北京大學前沿交叉學科研究院的第壹個正式成員。中心的宗旨是利用北京大學的多學科優勢，集中數學、物理、化學、工程、生物、信息科學等學科的研究力量，與國外同行交流，理論與實驗相結合，開展和推進定量系統生物學的研究。
北京大學數量生物學中心聚集了壹批誌同道合的優秀科學家——不僅有北大數學、物理、化學、生物、工程、信息科學等學科的學者和專家，還聘請和吸引了壹批國內外優秀科學家兼職和定期訪問，形成了壹個生物研究的跨學科研究群體。涉及的研究領域包括系統生物學、合成生物學、計算生物學、生物信息學等。定量生物學中心是教育部第壹個創新研究團隊。2007年成為首個國家自然科學基金支持的“跨學科”創新研究群體，2008年獲得北京市重點學科建設支持。
自成立以來，定量生物學中心不斷改善其基礎設施，並保持了空間的可持續發展。該中心現設有常駐辦公室、訪問學者辦公室、學術交流會議室、研究生工作室、計算機集群系統和定量生物學實驗室。現有講師1人，長江特聘教授講師2人，長江講師3人，教授2人，特聘研究員1人，副教授4人，博士後3人，博士生52人，碩士生5人，本科生24人。
該中心自2001年底成立以來，在生物網絡動力學、生物分子進化、基因調控、蛋白質機制、藥物分子設計等方面取得了壹系列進展。理論生物學中心每周安排壹次常規學術活動，不定期邀請國內外學者講課。同時，該中心每年夏天都會舉辦理論生物學和生物信息學的國際會議或暑期班。2000年和2001年的研討會主要是交流理論生物學相關的最新進展。自2002年起，每年選擇壹個特定的主題，有目的地邀請相關領域的國際知名專家舉辦代表國際學術研究前沿的研討會，深入探討科學問題。同時，中心還將適時舉辦中心內部的學術交流活動。有助於加強不同學科人員之間的交流，為各學科的交叉和融合提供有利的支持。
註重培養學生的想象力、創造力和科研熱情。挑選對科學研究有熱情和高度積極性的學生進行進壹步訓練:培養學生的想象力和創造力；中央研究生在iGEM項目中為本科生提供技術支持。
課程設置和培訓:①學生專註於生物和另壹個特定的學科——各自學科至少壹半的課程；(2)學生要掌握未來研究工作所需的知識和技能基礎——為不同專業背景的新生開設不同的基礎課程；(3)培養學生的生物系統整體觀——學術講座(邀請相關領域的專家從各自的專業角度介紹如何研究生物系統)；④通過回顧研究領域的經典論文，激發學生對論文的批判性分析和理解，提高科研領導力——系統生物學專題講座。
主要研究方向:
系統生物學基礎研究
合成生物學
定量與高通理論實驗技術
基於系統生物學的復雜疾病研究和藥物設計
生物醫學跨學科研究中心
北京大學生物醫學交叉學科研究中心的建設目標是促進北京大學生命科學、醫學科學和工程技術的有機結合，建立良好的學術交流和研究環境，結合臨床科學中的基礎科學、技術應用和前沿研究，推動整個生物醫學領域從分子尺度到人體器官尺度的新發明、新發現和技術創新。生物醫學跨學科研究中心的三大任務是:促進生物醫學跨學科學術交流；開展跨學科研究工作；培養具有跨學科背景的新型人才。
培養跨學科人才是跨學科研究中心的另壹項重要任務。自2001以來，中心協助北京大學研究生院開設了兩個跨學科研究生班，培養具有跨學科背景的新型復合型人才。到2005年，已有89名跨學科研究生入學。“生物信息學研究生班”的研究生在生命科學、化學、物理、數學、醫學(藥學)等多個學科的優秀導師指導下，開展了生物信息學/系統生物學/理論與計算生物學的教學和科研，形成了新的學科力量和重要的學科方向。“生物醫學工程研究生班”導師來自北京大學理學部、信息與工程系、醫學部及多個附屬臨床醫院。研究生來自生命科學、物理化學、基礎醫學等基礎學科，以及電子、計算機技術、生物醫學工程、臨床醫學等眾多應用型、工程型學科。在相關學科優勢互補、相互合作的基礎上，北京大學形成了生物醫學工程交叉學科前沿領域的研究和人才培養。北大很多附屬醫院已經成為其他學校不具備的優勢資源，自由開放的學術氛圍也為學生提供了非常有利的平臺，學生可以根據自己的興趣“換學科”，進行不同學科間的大跨度合作交流。
主要研究方向:
等離子體醫學和納秒脈沖電場；
生物醫學信號和圖像分析；
細胞力學和生物微納技術。
磁共振成像研究中心(前功能成像研究中心)
北京大學磁共振成像研究中心成立於2010。該中心的目標是建立壹個綜合性的前沿跨學科磁共振成像研究平臺，大力開展磁共振成像領域的國際水平的科學研究和應用(重點神經科學、蛋白質的體內功能和腫瘤臨床等。)和高端技術創新(高場譜儀和脈沖序列等)。).
在國家211/985計劃和國家發改委的資金支持下，中心購置了4臺高場(3T和9.4T)研究用磁* *振動成像儀。
磁共振成像研究中心是壹個圍繞大型儀器的跨學科平臺，其位於綜合研究樓的儀器設備即將投入使用。該中心將匯集物理學、數學、工程學、心理學、計算機、生命科學、醫學等領域的專家，不同學科相互融合、相互碰撞，整合不同學科的思維模式，通過實驗推動技術進步，培養磁共振成像技術、認知腦功能成像、醫學功能成像等領域的高層次人才。
生物醫學材料和組織工程研究中心
依托北京大學前沿交叉學科研究院，於2007年3月在北京大學成立，整合了北大的科技、臨床和基礎醫學學科優勢資源。跨學科研究團隊由材料科學、力學、臨床醫學和生命科學領域的專家組成，開展生物醫學材料和組織工程的基礎和應用研究工作。2007年獲科技部國家重大科研計劃支持，開展“納米材料在牙齒組織器官再生修復中的機理研究”；2008年獲教育部985創新研究平臺建設項目支持，建設生物醫用材料研究平臺；2008年在北大深圳研究院成立生物醫學工程研究中心，為企業實踐成果轉化搭建產學研發展平臺；2009年受科技部國家重大科研計劃支持，開展“納米改性心血管植入材料”課題研究；自2009年起，該中心成為中國生物醫學工程學會介入醫學工程分會秘書處的掛靠單位。截止2009年6月5438+2月，研究中心承擔了科技部國家重大科學計劃16項目、科技部863重點項目、國家自然科學基金和北京市自然科學基金等項目。，累計獲得科研經費10多萬元。研究中心的實驗室建設和團隊建設初具規模，與學校多個實驗室建立了合作關系；除基礎研究和臨床應用外，該中心還大力推動並積極參與產學研聯合項目，承擔了企業委托的新型口腔種植系統的研發工作，並與多家企業合作開展生物醫用材料的研發工作。
主要研究方向:
1，基礎研究方向
醫用金屬材料、醫用非金屬材料、生物醫用材料的表面改性、胚胎幹細胞的分化調控機制、細胞力學行為研究
2.臨床應用研究方向
口腔生物醫學材料和器械，骨和軟骨組織再生和修復，皮膚修復和創傷敷料，神經組織修復和神經康復，醫學檢驗。
環境與健康研究中心
環境問題給人類社會帶來了嚴重的健康風險。因此，北京大學於2007年6月成立了環境與健康研究中心。該中心將發揮北京大學文理醫綜合優勢，加強環境與健康領域的跨學科研究，促進環境健康研究和管理人才的培養，為國家環境與健康政策提供高水平的科學、技術和決策支持。作為北京大學環境健康研究的重要學術支持機構，強調從基礎學科到決策支持緊密聯系的特點，促進北京大學環境健康相關學科之間的交流，推動北京大學環境健康科學的發展。環境與健康研究中心自成立以來，組織了北京大學環境科學、化學、基礎醫學、公共衛生、臨床醫學等領域的專家，開展環境與健康的跨學科綜合研究。
研究領域:
環境監測和人群暴露評估；
生物標誌物測量技術；
癌癥易發區的汙染暴露和環境基因組學研究；
細顆粒和超細(納米)顆粒的暴露和健康危害；
評估環境汙染造成的健康、社會和經濟損失；
環境質量標準的健康風險評估。
海洋研究中心
北京大學海洋研究中心的目標是組織北京大學相關研究力量，建立培養從事海洋事業人才的體系，建設世界壹流的多學科海洋研究平臺。發揮我校多基礎學科優勢，培養和推動以北京大學為主體或主導的海洋科研項目，支持和推動我校教師積極參與具有國際競爭力、與我國海洋事業密切相關的重大科研、工程和咨詢項目，培養具有多學科背景和海洋事業創新能力的高層次人才，在我國乃至世界海洋研究中發揮重要作用，為建設海洋強國做出貢獻。
作為多學科、高水平的學術機構，北大海洋研究中心將充分發揮北大在學科布局和與國內外其他知名高校廣泛聯系的優勢，與國家海洋主管部門合作，充分利用國內海洋研究的信息和資源，為中國海洋研究的發展做出貢獻。
主要研究方向:
(1)海洋系統與全球變化
(2)深海與地球動力學。
(3)海洋資源的基礎研究、開發和利用
(4)海事法規與管理和國際關系。
(5)海洋工程與技術
2014北京大學決定成立海洋研究院。
歷史和科學哲學研究中心
中心的成立背景和目標定位
發揮科學史和科學哲學的綜合優勢，在北大搭建科學與藝術交叉的學術平臺。
開展北大科學史研究，樹立北大科學紀念碑，改變北大藝術形象。
發展北京大學的科學史和科學哲學學科，使之走在中國前列。
中心主要成員及研究方向有許智宏院士、植物生理學、科學與人文科學、科技倫理學的馬教授、理論物理學、物理學史與哲學的饒毅教授、神經科學、生物學史、西方科學思想史的教授、中國近現代科學社會史、醫學史、醫學倫理學的張大慶教授、北京大學-清華大學生命科學聯合中心(CLS)。
為加快我國壹流大學建設，在國家支持下，按照“統壹領導、頂層設計、強強聯合、務實發展、動態調整”的原則，由教育部、科技部、財政部設計組織，北京大學、清華大學密切配合，成立了生命科學聯合中心，這是科研教育體制的壹項重大改革舉措。其目標是通過改革教育和科研的相關制度，吸引和聚集熱心教育的優秀科學家，優秀理論教學和前沿研究並重，培養拔尖創新人才，打造壹流的生命科學研究和教育中心。
生命科學聯合中心鼓勵科學家秉承“實事求是、勇於創新”的科學精神，自由探索未知前沿。營造跨學科融合、自主研究、思維寬松活躍的氛圍，鼓勵具有突破性和可持續發展潛力的原始創新。
生命中心作為橫跨兩所大學多個院系的相對獨立實體，享有人才招聘與考核、科研與教學自主權，實行國際化、社會化的人事聘用制度，通過公平公正的評價模式，公開選拔和聘用本研究領域具有世界領先學術水平的研究人員和科學家。
生命中心以課題組負責的獨立實驗室為基礎研究和人才培養單位，改革不適應現代教育的發展。通過多學科培養計劃選拔想象力豐富、獨立思考意識強、從事科研意願強的學生，因材施教，充分發揮學生的創造力。加強本科生、研究生和博士後的教育培養，緊密結合自主科研實踐活動，鼓勵和培養青年科學家自主成長。
建設世界壹流大學的關鍵之壹是在科教結合的基礎上進行壹流的科學研究。從牛頓開始的幾百年的歷史清楚地表明，自由探索的科學研究是世界壹流大學本質的有力組成部分。由於歷史的局限性，近代中國科學與教育的結合不夠緊密，甚至有過分離的時期，這不利於中國高等教育的發展。兩所大學建立生命科學聯合中心，不僅有助於提高大學在國家科學研究，特別是自由探索科學研究中的比重，還可以通過大學加強科學與教育的結合。
教育部對生命中心體制機制給予政策支持，鼓勵制定適合時代發展的本科和研究生課程培養方案、畢業標準和學制規定；科技部為中心日常科研運作提供競爭性項目支持；財政部根據全國規模相近的同類研究所年均經費支出，為中心的人員招聘、科研建設、教學改革等提供基礎支持。中心積極探索建立適應科教發展、滿足現代社會需求的體制機制，開展高水平研究，促進科研與教學互動發展，在體制機制、科研成果、創新人才等方面做出可推廣的探索和努力。