第二套房公積金貸款的利率是基準利率的1.1倍。貸款期限在5年及以內時，個人貸款利率為2.75％；貸款期限超過5年時，個人貸款利率為3.25％。適用於第壹套房未使用公積金貸款或已還清，以及第壹套房使用商業貸款的情況。符合條件的購房者可以為第二套房申請公積金貸款。
公積金貸款的計算方式：
1、基準利率的確定：基準利率是由中國人民銀行根據經濟發展情況和貨幣政策調整而公布的，是計算公積金貸款利率的基礎；
2、利率倍數的應用：不同情況下，公積金貸款利率可能是基準利率的某個倍數，如1.1倍、1.2倍等，這取決於貸款銀行的政策和借款人的貸款條件；
3、貸款金額的計算：貸款金額通常由借款人的公積金繳存額、繳存年限、收入情況等因素決定；
4、還款方式的選擇：借款人可以選擇等額本息還款或等額本金還款兩種方式，前者每月還款額固定，後者前期還款額較大，逐月遞減；
5、還款期限的確定：公積金貸款的還款期限壹般較長，可以達到20年或30年，具體期限由借款人的年齡和銀行政策決定。
綜上所述，對於第二套住房，公積金貸款的利率為基準利率的1.1倍，具體表現為5年及以內期限的個人貸款利率為2.75%，超過5年期限的個人貸款利率為3.25%，適用於第壹套房未使用或已還清公積金貸款，以及使用商業貸款的購房者，這些購房者有資格申請第二套房的公積金貸款。
法律依據：
《個人貸款管理暫行辦法》
第十壹條
個人貸款申請應具備以下條件：（壹）借款人為具有完全民事行為能力的中華人民***和國公民或符合國家有關規定的境外自然人；（二）貸款用途明確合法；（三）貸款申請數額、期限和幣種合理；（四）借款人具備還款意願和還款能力；（五）借款人信用狀況良好，無重大不良信用記錄；（六）貸款人要求的其他條件。
《中華人民***和國住房公積金管理條例》
第十三條
住房公積金管理中心應當在受委托銀行設立住房公積金專戶。
單位應當到住房公積金管理中心辦理住房公積金繳存登記，經住房公積金管理中心審核後，到受委托銀行為本單位職工辦理住房公積金賬戶設立手續。每個職工只能有壹個住房公積金賬戶。
住房公積金管理中心應當建立職工住房公積金明細帳，記載職工個人住房公積金的繳存、提取等情況。
第二十五條
職工提取住房公積金賬戶內的存儲余額的，所在單位應當予以核實，並出具提取證明。職工應當持提取證明向住房公積金管理中心申請提取住房公積金。住房公積金管理中心應當自受理申請之日起3日內作出準予提取或者不準提取的決定，並通知申請人；準予提取的，由受委托銀行辦理支付手續。