契約型基金和有限合夥制/公司制基金在基金運作主體和內部治理結構上的區別很難壹壹列舉。本文對這些差異進行了歸納，並將契約型基金的特征歸納如下:
1.契約型基金在運營成本和時間成本上有優勢。
契約型基金的投資者通過簽署基金管理人擬定的基金合同設立投資基金。所謂的投資基金，只是基於契約的集體自利信托法律關系的代理，並不具有獨立的法律主體資格。因此不需要向工商登記機關申請增設法人單位。因此，契約型基金在境外投資時，可以直接使用基金經理的名義對目標公司進行股權投資。在有限合夥制/公司制基金中，必須設立專門的基金運營平臺(公司或合夥企業)，然後需要在工商管理部門和稅務管理部門辦理壹系列行政手續，增加了基金運營成本(包括時間成本和費用成本)。
當同壹基金經理管理多只基金時，上述優勢可能更加明顯。
2.契約型基金在投資者的進出機制和資金變動的靈活性上具有優勢。
契約型基金的優勢對應投資者，體現在投資者可以靈活退出(贖回基金份額)；與基金管理人相對應，基金管理人可以根據約定和基金管理的實際需要調整基金規模。例如:
第壹，就投資人數量而言，契約型基金數量大於有限合夥制/公司制基金。設立有限合夥基金的，投資人應當成為合夥企業的有限合夥人，根據《合夥企業法》第61條規定，投資人不得超過50人；如果成立公司型基金，投資者將成為目標公司的股東。在實踐中，公司型基金壹般采取有限責任公司的形式。根據公司法的規定，有限責任公司的股東不得超過50人。由於沒有獨立的法律實體，契約型基金僅受中國證監會105號令的壹般規定限制，即合格投資者人數不得超過200人。
第二，就基金增減而言，契約型基金的手續簡化為有限合夥/公司型基金的手續。設立公司制基金的，需召開股東會並取得絕對數量有表決權股東的同意，方可進行增資或減資，並辦理相應的增資或減資工商變更手續；設立有限合夥基金的，增資或減資取決於合夥協議，但增資或減資也需要辦理工商變更登記手續。在契約型基金中，投資者的認購和贖回取決於所簽訂的基金合同中的約定，無需辦理工商變更登記手續。
第三，就基金份額的對外轉讓而言，契約型基金的靈活性優於有限合夥/公司型基金。設立公司型基金的，投資人(股東)對外轉讓基金份額(股權)受《公司法》關於股權轉讓的強制性規範限制，壹般需要其他股東(其他基金投資人)半數以上同意，其他股東有優先購買權；設立有限合夥基金的，對外轉讓股份或者質押，需要全體合夥人同意，無需特別約定；但是，對外轉讓契約型基金的基金份額只需符合第12號令關於合格投資者的規定。證監會105，並可在基金合同中約定轉讓和質押的具體程序和要求。
3.契約型基金在內部治理結構上對基金管理人和基金投資人有不同的影響。
契約型基金缺乏成熟的法律制度，基金管理人與投資者之間的權利義務可以自由約定。除了合夥協議和公司章程之外，有限合夥/公司基金的治理結構還受到《合夥企業法》、《公司法》和其他商業組織法的規範。這樣壹來，契約型基金的治理結構更加靈活，但相應地，對基金投資者的法律風險也更高(比如投資者對基金管理人的監督機制可能失效)。例如:
第壹，內部機構職責方面，如果成立公司制私募基金，股東大會壹般由全體投資人組成。股東大會、董事會、監事會的內部決策和治理機構及職責分工均以《公司法》為依據，其治理結構相對完善，基金投資者對基金管理人的約束機制更加有效，也更能體現基金投資者的權利；如果設立有限合夥制基金，管理人是基金的普通合夥人和執行合夥人，“自治”的廣度和深度都高於公司型基金。在契約型基金中，具體的職權劃分，如投資方向的決策權、利潤分配的決策權、管理人需要取得基金份額持有人大會同意的事項等，都可以在基金合同中約定。因此，契約型基金的基金管理人擁有更高的自主權，相應地，投資者對管理人的監督難度也更大。
二是競業禁止方面，設立公司型基金的，未經股東大會或者股東大會同意，董事、高級管理人員不得為自己或者為他人經營與其所任職公司相同的業務；設立有限合夥基金的，普通合夥人(基金管理人)不得單獨或者與他人合作從事與合夥企業相競爭的業務，否則收益歸合夥企業所有。在契約型基金中，基金管理人可以同時管理多只不同幣種、不同規模、業務範圍相同的基金。除非基金合同中有明確約定，基金管理人只需遵守公平對待所管理的不同基金的良好管理義務即可。所以對契約型基金的基金經理的限制要弱壹些。
4.契約基金在稅負上沒有優勢。
契約型基金的重要優勢在於，基金本身的稅負優於公司型基金，因為它不是納稅主體，不存在重復征稅問題。然而，有限合夥制基金也有避免雙重征稅的優勢。因此，由於稅收政策的不完善，契約型基金在稅負上並沒有明顯優於有限合夥制基金的優勢，甚至可能存在劣勢。
私募股權投資基金的收益主要由兩部分組成:目標公司分配給股東的股息和紅利，以及目標公司所持股份到期後轉讓的收益。
第壹，如果是企業基金，項目公司本身屬於納稅人，那麽其稅負安排如下圖所示:
二是根據《證券投資基金法》第八條規定:“基金財產投資的相關稅費由基金份額持有人承擔，由基金管理人或者其他扣繳義務人按照國家有關稅收征收的規定代扣代繳。”因此，壹般認為，契約型基金和有限合夥制基金壹樣，不存在“重復征稅”的問題，相對於公司型基金具有壹定的優勢。稅收負擔如下:
再次，必須說明契約型基金的稅負優勢主要是基於信托契約型基金實務的理論探討。對於這種新興的契約型基金如何征稅，目前還沒有明確的法律規範或稅收實踐。問題是，契約型基金本身雖然不是獨立的納稅人，但必須通過基金管理人進行境外投資。如果管理人是有限責任公司，基金管理人可能成為納稅人。稅務機關可能會做出這樣的處理:基金管理人取得股權轉讓所得，因此在基金管理人層面征收企業所得稅。基金管理人將收益分配給投資者時，投資者可能需要再次征收個人所得稅，本質上是“重復征稅”。此時的稅負安排與公司私募基金壹致。
總的來說，與其他形式的基金，尤其是有限合夥制基金相比，契約型基金在稅負上沒有明顯優勢。
5.契約型基金在風險隔離方面存在劣勢。
契約型基金不是獨立的法律資格主體，需要以基金管理人的名義行事。其風險隔離能力較弱，主要是基金財產的獨立性難以被認可。
設立公司型基金的，公司法明確公司財產獨立。因此，投資人的出資壹旦進入項目公司的資金運營平臺，即成為項目公司的財產，投資人僅以出資額為限對項目公司承擔有限責任。基金財產作為項目公司的資產，可以有效地獨立於投資人和基金管理人的財產；設立有限合夥基金的，《合夥企業法》第二十條還規定了合夥企業的財產獨立。
然而，在合同資金中，只有第23號令證監會105明確規定:“私募基金管理人、私募基金托管人、私募基金銷售機構等私募基金服務機構及其從業人員不得從事私募基金業務: (壹)以其固有財產或者他人財產從事基金財產投資活動……”但是，契約型基金的對外投資必須以基金管理人的名義進行，現行法律法規另有規定。目前相關主管機關(如人民法院、仲裁機構、稅務機關)是否會認可基金管理人自有財產與其管理的不同基金財產的獨立性，存在很大的不確定性。
契約型基金的風險隔離劣勢可能導致基金財產作為基金管理人的財產，用於償還基金管理人的債務，對基金投資人的風險較大。
二、契約基金與信托基金的簡要比較分析
契約型基金也可以用來指代信托基金，但它與本文討論的契約型基金有著顯著的區別。在實踐中，信托基金模式多用於私募股權投資基金。這裏只簡單分析壹下:
根據《信托法》和《信托公司私募股權投資信托業務操作指引》的規定，在這種模式下，信托計劃成立後，信托公司將親自處理信托事務，自主進行投資決策和控制風險，其管理費和業績獎勵的直接接受者也是信托公司。在這種交易結構中，信托公司單獨與基金經理簽訂投資顧問服務合同，基金經理作為投資顧問介入基金運作。因此，在這種模式下，基金管理人可能對擬投資項目和基金運作缺乏足夠的影響力和控制力，難以保證對基金運作的合理監督。