1、引導基金的資金來源
根據三部委聯合發布的《指導意見》要求，引導基金的資金來源主要為：支持創業投資企業發展的財政性專項資金引導基金的投資收益與擔保收益閑置資金存放銀行或購買國債所得的利息收益個人、企業和社會無償捐贈的資金等。
國內的政府引導基金資金來源主要有兩種：壹是地方政府通過財政出資獨立完成，二是政府與政策性銀行聯合出資設立。絕大多數已設立的引導基金資金均來源於政府財政出資，只有少數的早期政府引導基金資金來源於政策性銀行，比如，由地方政府聯合國家開發銀行***同出資設立的蘇州工業園區創業投資引導基金、天津濱海新區創業投資引導基金、吉林省創業投資引導基金以及山西省創業風險投資引導基金由地方政府聯合中國進出口銀行***同出資設立的成都銀科創投及重慶市科技創業投資引導基金等。
2、引導基金的法律結構
在引導基金設立的法律結構上，《指導意見》指出：引導基金應以獨立事業法人的形式設立，由有關部門任命或派出人員組成的理事會行使決策管理職責，並對外行使引導基金的權益和承擔相應義務與責任。
而各地引導基金的運作主體除了獨立事業法人之外，亦有部分引導基金以企業法人制（公司制）設立，在不同的法律結構下，引導基金的運作模式、監管模式以及考核激勵體制均有所不同。
獨立事業法人制引導基金，因其事業單位的性質，更為強調“社會服務”、“讓利於民”的特點，其基金管理多委托第三方管理機構，少數成立事業編制基金管理團隊，對於管理團隊的考核與同級國有企業類似，相對缺乏有效的利益驅動。
企業法人制引導基金多采用公司制，由於對國有資產負有保值增值的義務，其壹般會按照同股同權的原則獲取基金收益，對於管理團隊的激勵機制相對市場化，某些地方已在實行參股激勵方式，已經在向專業的市場化FOFs轉型。