中國食品發酵工業研究所是中國最早從事工業微生物資源保存和管理的科研機構。1953在原上海工業實驗所成立工業微生物菌種保藏組，1956開始研發先進的微生物菌種凍幹真空保藏技術和方法。1958年菌種保藏組隨輕工業部發酵工業研究所遷至北京，建立和完善了工業微生物菌種保藏的各項管理制度和技術方法，建立了較為完整的菌種保藏管理程序和制度。
65438-0979年，中國工業微生物種質資源保存管理中心(CICC)正式成立，在全國8個省市建立了8個菌種子站，構成了全國工業微生物種質資源保存管理網絡，為我國工業微生物種質資源的保護和管理奠定了基礎。
CICC對中國工業微生物菌種資源進行了全面系統的調查和收集，完成了資源的整理、鑒定和編目，建立了中國工業微生物菌種資源和檔案，結束了中國工業微生物菌種來源不明、分類混亂、分散保存和重復管理的局面，為中國工業微生物資源的保護和利用做出了巨大貢獻。CICC重點科研項目“工業微生物的分類、鑒定、命名和編目研究”獲輕工業部科技進步二等獎1987，北京市第二商業局科技成果二等獎1984，上海市食品工業公司二等獎1985，天津市科技進步三等獎1985。
1984-1986年，CICC主持了輕工業部科技發展基金項目“酒精、醬油黴菌和酵母菌生產性能測定研究”，系統測定和篩選了868株酒精、醬油黴菌和酵母菌的生產性能，並根據不同用途測試了近40項生產性能，獲得了約6000個實測數據，基本明確了重要性。這是CICC壹項重要的應用基礎研究工作，為菌種的科學管理、菌種資源的開發利用、生產菌種的升級換代提供了可靠的科學依據，在為科研教學提供實驗材料和對外交流方面具有重要的科學、經濟和社會意義。
1990-1992，CICC承擔了原輕工業部科技發展基金項目“食品工業微生物數據庫開發”，研發了國內首個應用於食品工業微生物保藏領域的專業數據庫管理系統，填補了國內食品領域工業微生物保藏管理數據庫的空白，為工業微生物資源的科學管理和國內外交流創造了有利條件。該數據庫包括五個子數據庫，即工業微生物菌種目錄數據庫、保藏管理數據庫、保藏技術數據庫、菌種分布數據庫和專業工作管理數據庫。該數據庫項目齊全，數據可靠，能夠滿足保藏工作科學化、現代化管理的要求。
50多年來，工業微生物菌種保藏中心的制度建設壹直受到研究所的高度重視。秦含章、王維卿、莫祥雲、唐二明等研究所和中心的領導不僅是本領域的學術帶頭人，而且在專業領域也取得了令人矚目的成就。作為我國工業微生物資源管理領域的核心機構，CICC培養了大批從事工業微生物資源研究和產業開發的高素質人才，為我國工業微生物產業的發展做出了巨大貢獻。
2000年以來，CICC加快國家工業微生物菌種資源機構建設，重新規劃了機構設置、人才結構、業務範圍、產品系列和發展方向，全面升級了儀器設備，建立了分子生物學菌種鑒定實驗室，引進了國際先進的微生物菌種鑒定分析系統，完善了液氮超低溫保藏設施和低溫備用菌種庫，實現了工業保藏、鑒定和* * *共享網絡。
2001年，CICC建立了中國工業微生物菌種資源網，在全國率先實現了菌種資源的網上共享。2002年建立國際工業微生物菌種資源交流平臺，為國內企業和科研機構提供國際微生物菌種的委托引進服務。目前，已建立了最高效、最暢通的國內國際質控檢測和科研用基礎菌種引進渠道，樹立了良好的聲譽；2004年，CICC承擔了國家工業微生物資源平臺建設和* * *共享試點工作，負責全國工業微生物資源的標準化整合和* * *共享平臺建設，並在全國率先重新組建和恢復了工業微生物資源* * *共享網絡，有效促進了工業微生物資源的社會* *共享和利用。