中國初級衛生保健基金會愛心醫院公益項目管理辦公室（原專項基金部）為中國初級衛生保健基金會（以下簡稱基金會）項目執行機構之壹。 愛心醫院公益項目管理辦公室通過設立專項基金、開展系列化公益項目幫扶基層醫療機構，旨在提高其醫療衛生服務能力，滿足我國基層群眾尤其是農村居民的醫療需求。截至目前，基金會已從各省、地、縣(市、區)人民政府或衛生行政部門申報的3000多家醫院中篩選並批準了1200余家醫療機構作為我會定點實施公益項目的愛心醫院。
愛心醫院公益項目管理辦公室以愛心醫院為依托，積極與農工黨地方組織團結合作，在全國已開展了下肢靜脈曲張、宮頸癌、乳腺癌、小兒先心病、小兒腦癱、尿毒癥等疾病普查救助活動。通過醫療設備捐贈、幫助貼息融資、補貼資助醫療設施等公益項目向愛心醫院提供了實實在在的幫助，提高了愛心醫院的醫療救助能力和服務水平。
中國初級衛生保健基金會佑安肝病/艾滋病基金，是在2006年7月31日，由中國初級衛生保健基金會和首都醫科大學附屬北京佑安醫院***同發起建立，旨在積極開展肝病、艾滋病普查宣教活動，廣泛普及肝病、艾滋病防治知識，進行肝病、艾滋病防治專項研究，構建肝病、艾滋病防控體系，治療肝病、艾滋病患者，救助貧困病人，改變我國肝病大國的面貌並積極預防和抵制艾滋病。 遠離乙肝 健康中華
為響應國家提出的‘人人享有基本衛生保健服務’的號召，推動我國公益事業的發展，中國初級衛生保健基金會和陜西東泰制藥有限公司***同發起成立了“中國初級衛生保健基金會東泰乙肝防治救助專項基金”，並在全國範圍內開展‘遠離乙肝 健康中華’為冠名的培訓、群眾性普查、治療救助、科研等和肝病防治救助相關的公益活動，旨在宣傳乙肝防治知識；降低乙肝感染率；救助弱勢群體患者的公益活動。
定點醫院發展基金管理辦公室
中國初級衛生保健基金會定點醫院發展基金管理辦公室（原基金會定點醫院管理局），實施的“中國健康扶貧工程定點醫院”項目，是中國初級衛生保健基金會的重點實施項目之壹。