王亞東教授 在國內率先開展生物信息學的研究，作為資深專家有力地推動了我國在生物信息學方面的研究工作。
他主持完成國家科技重大工程、國家863計劃項目、國家自然科學基金、國際合作項目等20余項，其中國家重大專項項目1項，國家科技支撐計劃重點項目1項，國家863計劃項目10余項，國家自然科學基金項目5項，國際合作項目5項。王亞東教授榮獲國家科技進步二等獎1項、省科技進步二等獎1項、省自然科學二等獎2項；在《Nucleic Acids Research》(SCI,IF 8.278)、《Bioinformatics》(SCI,IF 5.323)、《Human Mutation》(SCI,IF 5.213)、《BMC Genomics》(SCI,IF 4.40)、《BMC Bioinformatics》(SCI,IF 3.02)等國際著名期刊發表論文150余篇，單篇最高他引314次，入選2009年“中國百篇最具影響力國際學術論文”。王亞東教授代表性學術論文的影響因子總和超過150。
主要在研項目有 ： 生物大數據表述索引、搜索與存儲訪問技術，國家863計劃重大項目，2015.01-2017.12 生物數字資源集成和信息服務關鍵技術研發, 國家863計劃項目，2014.01-2016.12 醫療物聯網關鍵技術研究與設備開發及驗證, 國家科技重大專項，2013.01-2015.12 醫療信息集成融合技術與系統開發, 國家863計劃項目，2011.01-2015.12 個人健康信息獲取與管理技術研究，國家863計劃項目，2012.01-2015.12 轉化生物信息學重大產品研制，國家863計劃項目，2012.01-2014.12 哈爾濱工業大學-愛思開醫療信息技術聯合研究實驗室，國際合作項目，2011.01-2014.12 基於新壹代測序數據的基因組拼接組裝算法研究 ，國家自然科學基金，2011.01-2015.12 基於個體基因組單核苷酸突變的等位基因轉錄調控模型研究，國家自然科學基金，2014.01-2017.12 基於多參考基因組的高通量測序片段映射方法研究，國家自然科學基金，2014.01-2016.12 基於生物數據融合的致病microRNA識別方法研究，國家自然科學基金，2012.01-2014.12 人類復雜疾病相關的非編碼區調控性單核苷酸變異預測研究，國家自然科學基金，2014.01-2016.12 主要獲獎項目有: 項目“農業專家系統及其開發工具研究”獲第壹屆黑龍江省高校科學技術壹等獎 (2002) 項目“復雜疾病基因作圖的模式識別方法研究”獲黑龍江省高校科學技術壹等獎和黑龍江省自然科學技術二等獎（2005） 項目“J-220-2-15 農業專家系統研究及應用”獲國家科技進步獎 (通用項目)二等獎 (2006) 項目“基於機器學習的色彩自動匹配技術研究”獲黑龍江省自然科學技術二等獎 （2006） 論文《miR2Disease: a manually curated database for microRNA deregulation in human disease》獲中國百篇最具影響國際學術論文獎 (2010) 和第十二屆黑龍江省自然科學技術學術成果獎壹等獎 (2011) 個人基因組瀏覽器PGB是全球首個針對個人基因組而定制的瀏覽器，相關論文《The Personal Genome Browser: Visualizing Functions of Genetic Variants》發表在Nucleic Acids Research(2014年IF：8.278)。審稿人高度評價研究的重要意義“You do a lot of great works to the world”，標誌著我國在這壹全新的研究領域完成了領航任務。 軟件成果有 ： miR2Disease miR2Disease, a manually curated database, aims at providing a comprehensive resource of miRNA deregulation in various human diseases. Personal Genome Browser Personal Genome Browser, a genome browser for visualizing individual genetic variants and their functions, with support of diverse genomic annotations and knowledge bases. SIDD SIDD aims to establish semantic associations among disease-related databases and integrate them to provide disease global view at biological levels. PRISM PRISM is a software for split read (reads which span across a structrual variant — SV ) mapping and SV calling from the mapping result. PRISM is able to detect small insertions and abitrary size deletions, inversions and tandom duplications with the direction of discordant read pairs. PRISM_CTX is a tool for detecting inter-chromosome trans-location events. DNMFilter ESclassifier ESclassifier is a supervised machine learning-based approach for exon skipping event detection from RNA-Seq data lncRNA2Target lncRNA2Target, a manually curated database for differentially expressed genes after lncRNA knockdown or over expression. LncRNA2Function LncRNA2Function, an ontology-driven user-friendly web interface named lncRNA2Function, which enables researchers to browse the lncRNAs associated with a specific functional term, the functional terms associated with a specific lncRNA, or to assign functional terms to a set of human lncRNA genes, such as a cluster of co-expressed lncRNAs. TF2Lncrna TF2Lncrna, a web interface contains two panels on the left and right hand side, which allow users to input a set of lncRNAs for finding their common TFs or for browsing and retrieving TF-lncRNA regulatory relationships for a specific TF or lncRNA in a specific cell line of interest.